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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6d49 | ||||||
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タイトル | Cell Surface Receptor in Complex with Ligand at 1.80-A Resolution | ||||||
要素 | Myeloid cell surface antigen CD33 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Sialic Acid Binding (シアル酸) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Receptor / Siglec (SIGLEC) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immune response-inhibiting signal transduction / positive regulation of protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of monocyte activation / sialic acid binding / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of interleukin-1 beta production / tertiary granule membrane / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of tumor necrosis factor production / specific granule membrane ...immune response-inhibiting signal transduction / positive regulation of protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of monocyte activation / sialic acid binding / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of interleukin-1 beta production / tertiary granule membrane / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of tumor necrosis factor production / specific granule membrane / positive regulation of protein secretion / 細胞接着 / ペルオキシソーム / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell signaling / signaling receptor activity / carbohydrate binding / protein phosphatase binding / 細胞接着 / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / ゴルジ体 / 細胞膜 / シグナル伝達 / 核質 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å | ||||||
データ登録者 | Hermans, S.J. / Miles, L.A. / Parker, M.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Iscience / 年: 2019 タイトル: Small Molecule Binding to Alzheimer Risk Factor CD33 Promotes A beta Phagocytosis. 著者: Miles, L.A. / Hermans, S.J. / Crespi, G.A.N. / Gooi, J.H. / Doughty, L. / Nero, T.L. / Markulic, J. / Ebneth, A. / Wroblowski, B. / Oehlrich, D. / Trabanco, A.A. / Rives, M.L. / Royaux, I. / ...著者: Miles, L.A. / Hermans, S.J. / Crespi, G.A.N. / Gooi, J.H. / Doughty, L. / Nero, T.L. / Markulic, J. / Ebneth, A. / Wroblowski, B. / Oehlrich, D. / Trabanco, A.A. / Rives, M.L. / Royaux, I. / Hancock, N.C. / Parker, M.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6d49.cif.gz | 79.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6d49.ent.gz | 57.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6d49.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/6d49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/6d49 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14648.298 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD33, SIGLEC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20138 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.16 % / 解説: Cubic |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 0.6 M NaCl 18% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→36.462 Å / Num. obs: 26760 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1534 / CC1/2: 0.877 / Rpim(I) all: 0.284 / Rrim(I) all: 0.664 / % possible all: 94.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6D48 解像度: 1.801→36.462 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.35
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.801→36.462 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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