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- PDB-6cwf: Crystal structure of SpaA-SLH in complex with 4,6-Pyr-beta-D-ManNAcOMe -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6cwf | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of SpaA-SLH in complex with 4,6-Pyr-beta-D-ManNAcOMe | ||||||||||||
![]() | Surface (S-) layer glycoprotein | ||||||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Surface layer homology domain / Secondary cell wall polymer / ![]() | ||||||||||||
Function / homology | S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Chem-6LA / Surface (S-) layer glycoprotein![]() | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Blackler, R.J. / Evans, S.V. | ||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis of cell wall anchoring by SLH domains in Paenibacillus alvei. Authors: Blackler, R.J. / Lopez-Guzman, A. / Hager, F.F. / Janesch, B. / Martinz, G. / Gagnon, S.M.L. / Haji-Ghassemi, O. / Kosma, P. / Messner, P. / Schaffer, C. / Evans, S.V. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 144.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 113.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6cwcSC ![]() 6cwhC ![]() 6cwiC ![]() 6cwlC ![]() 6cwmC ![]() 6cwnC ![]() 6cwrC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 28 - 192 / Label seq-ID: 8 - 172
|
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Components
#1: Protein | Mass: 19784.240 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: SLH domains (UNP residues 21-193) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Sugar | #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.98 % / Mosaicity: 0.953 ° |
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Crystal grow![]() | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 50 mM calcium chloride dihydrate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 30% v/v PEG550 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 2, 2014 / Details: OSMIC BLUE MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→40 Å / Num. obs: 18478 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.903 / Net I/av σ(I): 44.815 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 173393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB entry 6CWC Resolution: 2.25→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 16.504 / SU ML: 0.206 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.231 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 125.05 Å2 / Biso mean: 43.086 Å2 / Biso min: 7.57 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.25→40 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 9645 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.249→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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