PDB-6cuv: Engineered Holo TrpB from Pyrococcus furiosus, PfTrpB7E6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cuv

タイトル

Engineered Holo TrpB from Pyrococcus furiosus, PfTrpB7E6

要素

Tryptophan synthase beta chain 1

キーワード

LYASE (リアーゼ) / internal aldimine

機能・相同性

機能・相同性情報

トリプトファン合成酵素 /

tryptophan synthase activity /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Scheele, R.A. / Buller, A.R. / Boville, C.E. / Arnold, F.H.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Engineered Biosynthesis of beta-Alkyl Tryptophan Analogues.
著者: Boville, C.E. / Scheele, R.A. / Koch, P. / Brinkmann-Chen, S. / Buller, A.R. / Arnold, F.H.

履歴

登録	2018年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cuv.cif.gz	591.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cuv.ent.gz	481.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cuv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/6cuv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/6cuv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cutC 6cuzC 5vm5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6am7-1 5t6m-1 6am9-1 5vm5-1 5t6m-2 6ami-1 5dw0-1 5ixj-2 5dw3-1 5dvz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Tryptophan synthase beta chain 1

B: Tryptophan synthase beta chain 1

C: Tryptophan synthase beta chain 1

D: Tryptophan synthase beta chain 1

ヘテロ分子

171 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tryptophan synthase beta chain 1

B: Tryptophan synthase beta chain 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Tryptophan synthase beta chain 1

D: Tryptophan synthase beta chain 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.577, 108.567, 159.331
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tryptophan synthase beta chain 1 分子量: 42589.566 Da / 分子数: 4 変異: I16V, E17G, L91P, F95L, L161A, V173E, F274L, T292S, V384A 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (ピュロコックス・フリオスス) 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: trpB1, PF1706 / プラスミド: pET22-b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U093, トリプトファン合成酵素
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.02 % / Mosaicity: 0.28 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.85 / 詳細: 14% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.19499 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.19499 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→40 Å / Num. obs: 68611 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.133 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.26→2.31 Å / 冗長度: 6.2 % / Num. unique obs: 4547 / CC_1/2: 0.655 / R_pim(I) all: 0.719 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5VM5

5vm5

解像度: 2.26→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 23.849 / SU ML: 0.257 / SU R Cruickshank DPI: 0.4009 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.401 / ESU R Free: 0.256
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	3374	5 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.2125	63878	98.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 120.84 Å² / B_iso mean: 48.522 Å² / B_iso min: 24.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.26→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11547	0	19	79	11645
B_iso mean	-	-	60.66	40.69	-
残基数	-	-	-	-	1539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	11840
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	10934
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.214	1.97	16061
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.767	3	25248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.731	5	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.06	24.113	479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.27	15	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.428	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	13415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2366

LS精密化シェル

解像度: 2.26→2.319 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	195	-
R_work	0.363	3504	-
all	-	3699	-
obs	-	-	74.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8632	1.5485	-1.2493	1.988	-0.6581	4.8302	-0.191	0.242	-0.0093	-0.3901	0.1633	0.2026	0.588	-0.7697	0.0277	0.301	-0.0485	-0.0938	0.3128	-0.004	0.0665	-11.0349	-48.4315	0.7818
2	1.226	-0.0888	-0.0517	2.6697	-0.5691	2.2044	0.0615	-0.248	0.0066	0.0916	-0.0485	0.1381	-0.1396	-0.377	-0.013	0.2123	0.0089	0.0176	0.3717	-0.035	0.0556	-8.8583	-35.7367	21.8986
3	5.1015	2.2252	-0.7163	9.7412	1.3417	2.831	-0.0881	-0.0637	-0.0527	-0.0597	0.05	-0.1243	0.1419	0.2232	0.0382	0.2617	0.0487	-0.0241	0.2483	0.0585	0.0987	0.3503	-51.9404	12.1097
4	3.305	-0.9493	-1.2283	2.7794	-0.0841	5.8448	0.0963	-0.1845	-0.0957	-0.1334	-0.3015	0.0599	0.2406	0.3718	0.2052	0.3006	0.0414	-0.0423	0.2424	0.0331	0.0574	2.8907	-50.8537	16.5489
5	2.8642	-0.015	-0.2336	3.3085	-0.82	6.3277	-0.1874	0.2248	0.1659	-0.1651	-0.2497	-0.3486	0.0787	1.3932	0.4371	0.2133	0.0805	-0.0006	0.4315	0.1	0.0723	9.6654	-49.8505	11.9426
6	0.365	0.259	0.4035	1.7689	0.154	2.362	-0.0253	0.0094	0.0583	-0.2556	0.0102	0.2258	-0.2136	-0.2729	0.0152	0.2659	0.0246	-0.0261	0.3054	-0.0175	0.0399	-8.6177	-33.062	10.3448
7	2.8811	4.3598	1.2153	7.2459	3.595	7.1451	-0.1181	0.13	-0.1349	-0.3546	0.3698	-0.4256	-0.3514	0.8533	-0.2517	0.344	-0.0254	0.0551	0.3795	-0.0213	0.1793	6.1908	-33.3061	-2.1346
8	0.6701	-1.9763	0.361	5.8342	-1.0622	0.2761	0.2806	0.0625	-0.029	-0.8291	-0.1735	0.0578	0.0426	0.3763	-0.1071	0.479	-0.3157	0.1822	1.5015	-0.349	0.2501	10.5794	-33.9413	7.3337
9	1.4168	0.206	0.4809	1.292	-0.3821	4.7868	-0.0277	0.01	0.2619	-0.1369	-0.0048	0.024	-0.6141	0.3211	0.0325	0.2699	-0.0067	0.0081	0.192	-0.0298	0.0999	0.8315	-24.5631	13.228
10	4.9989	0.0778	1.5317	3.6358	-0.1329	2.5802	0.0648	0.0845	0.2131	0.023	-0.0437	-0.0965	-0.3394	0.215	-0.0211	0.2795	-0.0343	0.045	0.2935	-0.0637	0.0364	2.7727	-24.5335	21.6273
11	0.4358	-0.6777	0.7774	3.558	-0.5276	4.3594	-0.05	-0.2275	0.0862	0.3051	0.0313	0.0968	-0.4631	-0.5398	0.0187	0.2722	0.0789	0.0529	0.3869	-0.0642	0.053	-8.0599	-25.6173	57.85
12	0.8684	-0.4913	0.1546	4.3	-0.6921	3.1552	0.0256	-0.1089	0.0772	-0.1136	0.0171	0.2581	0.1144	-0.3363	-0.0427	0.1545	-0.0154	0.0327	0.369	-0.0296	0.0905	-9.1667	-41.8605	35.2356
13	1.4277	1.094	-1.6104	3.9011	1.1153	3.8842	-0.0049	0.0126	0.0517	-0.0654	-0.0269	0.1399	-0.3633	-0.0885	0.0319	0.3839	0.0306	-0.0073	0.2954	-0.1017	0.0595	-0.0195	-24.842	45.0463
14	3.8593	-0.6174	-0.4663	4.893	0.6529	4.5447	-0.1478	0.0549	-0.3486	0.0456	-0.0243	-0.3026	-0.1006	0.3966	0.1721	0.194	-0.0564	0.0336	0.3305	-0.0557	0.0823	9.9549	-27.528	39.3535
15	7.8053	-2.6378	-0.162	2.836	-0.4118	2.5952	-0.483	-0.2572	-0.0942	1.1023	-0.0865	-0.3717	-0.1195	0.5305	0.5694	0.5987	-0.1049	-0.1357	0.4393	0.0574	0.1957	11.9043	-24.5484	52.6114
16	0.6754	0.0876	-0.4983	1.5298	0.5548	3.2699	-0.0483	-0.1293	0.0969	0.2619	0.0082	0.1031	0.3308	-0.4905	0.0401	0.2461	-0.0363	0.0466	0.3832	-0.0159	0.0288	-7.5338	-42.6936	48.9249
17	3.8098	-2.7807	0.1395	12.9457	5.2317	3.0562	-0.0944	0.0194	0.0402	-0.3244	0.2111	-0.4597	-0.0049	0.2712	-0.1167	0.2926	0.0186	0.0032	0.3527	0.01	0.2157	4.4128	-41.3821	62.0267
18	1.9827	2.1059	0.5659	3.45	-2.3601	8.4783	0.1386	-0.18	0.3192	0.4801	-0.3204	0.225	-0.8367	1.1803	0.1818	0.3934	-0.0114	-0.0277	0.8159	-0.153	0.2112	10.5883	-43.5984	52.1228
19	1.1259	-0.2202	-0.3052	1.197	0.4673	3.7246	0.0178	-0.2562	-0.13	0.2424	-0.0081	0.0113	0.7298	-0.0028	-0.0096	0.2845	-0.0431	-0.0131	0.2779	0.0415	0.0162	-2.9972	-52.206	44.0634
20	7.9587	-1.1507	4.3802	13.4134	1.8431	9.9307	0.1248	0.3079	-0.1051	0.0491	0.0369	-0.8094	0.7391	0.9663	-0.1617	0.2838	0.0238	0.0008	0.3507	-0.0133	0.1269	11.63	-46.3356	33.2535
21	2.6274	-0.3475	-0.6224	1.0077	-0.2389	5.82	0.0117	-0.2176	0.221	0.0805	0.0726	0.1357	-0.1133	-0.8079	-0.0843	0.1982	0.0575	0.0646	0.1913	0.0204	0.0767	-57.4278	-65.6676	50.3137
22	1.182	0.1131	0.3926	3.2117	0.6934	2.7375	-0.019	0.0192	-0.0295	-0.0648	0.0827	0.0647	-0.0365	0.0954	-0.0638	0.227	0.0322	0.0268	0.1919	0.0276	0.116	-45.5185	-69.3305	40.3194
23	5.7926	0.5906	0.0884	4.182	1.2969	9.2443	0.2253	-0.1648	0.2923	0.0455	-0.2102	-0.6779	-0.2261	0.9873	-0.0151	0.254	-0.1125	0.0083	0.2268	0.0311	0.1827	-34.7717	-56.9699	40.5008
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26	12.3228	-6.6535	0.8398	6.0814	0.1318	3.6993	-0.135	-0.6436	0.143	0.0923	0.1204	-0.6339	0.2263	0.7662	0.0146	0.3317	0.0443	0.0146	0.3879	0.0356	0.1456	-37.8861	-73.1976	62.7448
27	0.4101	1.0213	3.1685	2.5917	7.977	24.637	-0.0939	0.0694	0.0128	-0.1269	0.2308	-0.1084	-0.5181	0.6808	-0.1369	0.9928	0.0857	-0.0132	0.7812	-0.0562	0.5549	-29.2264	-69.8557	62.4245
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29	3.681	-0.2159	-0.9897	1.0854	0.5308	3.3309	0.0369	-0.0969	-0.332	0.2873	0.0949	-0.1162	0.544	0.665	-0.1318	0.3519	0.1464	-0.0568	0.1653	-0.0212	0.0647	-35.5369	-83.5773	42.6557
30	2.5062	1.2595	0.055	6.6647	-0.7959	3.0674	0.2138	0.1148	-0.3438	0.188	-0.0982	-0.4189	0.3158	0.344	-0.1156	0.2857	0.1037	-0.0167	0.2224	-0.0472	0.1248	-37.2211	-84.4212	38.6505
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33	3.0581	1.0876	0.5296	3.1156	1.7927	4.8095	-0.1213	0.2878	-0.1371	-0.288	0.1292	0.0396	0.2832	0.4043	-0.0079	0.3374	0.1156	-0.0143	0.3001	-0.0367	0.0113	-35.2116	-82.1	15.1597
34	4.979	-1.9033	1.4783	4.9062	-3.2582	5.4862	-0.0479	0.4069	0.6248	-0.3505	-0.0804	-0.5803	-0.5835	1.0642	0.1283	0.4168	-0.0375	0.0744	0.5797	-0.0575	0.1311	-24.2667	-72.4863	19.4791
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36	0.6077	-0.4068	0.4249	1.2852	0.2936	3.1566	0.1341	0.4203	0.0458	-0.3476	-0.069	0.1026	-0.0804	-0.1577	-0.0651	0.3366	0.0598	-0.0159	0.4656	0.0991	0.033	-48.0022	-66.184	8.9512
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39	1.4297	0.0947	0.9877	1.6289	0.1101	3.28	0.0234	0.3415	0.2713	-0.1655	0.0284	0.0713	-0.5097	-0.1395	-0.0518	0.3127	0.0551	0.0342	0.2534	0.1344	0.0859	-47.9077	-56.323	15.6785
40	12.2822	4.2644	1.625	9.6397	-4.0187	7.2515	0.0562	0.3675	0.802	0.6578	0.1858	-0.7193	-0.7061	0.9095	-0.242	0.3167	-0.0023	0.0406	0.376	-0.0621	0.4167	-32.4348	-57.7396	26.9207

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	36 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	96 - 109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	110 - 132
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	133 - 176
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	177 - 259
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	260 - 286
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	287 - 301
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	302 - 356
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	357 - 388
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	1 - 36
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	37 - 83
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	84 - 114
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	115 - 150
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	151 - 179
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	180 - 266
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	267 - 282
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	283 - 302
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	303 - 373
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	374 - 385
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	1 - 50
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	51 - 133
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	134 - 154
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	155 - 180
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	181 - 265
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	266 - 285
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	286 - 292
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	293 - 312
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	313 - 352
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	353 - 384
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	1 - 55
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34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	129 - 157
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36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	180 - 274
37	X-RAY DIFFRACTION	37	D	275 - 298
38	X-RAY DIFFRACTION	38	D	299 - 304
39	X-RAY DIFFRACTION	39	D	305 - 374
40	X-RAY DIFFRACTION	40	D	375 - 385

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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