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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cki | ||||||
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タイトル | Co-crystal structure of MNK2 in Complex With Inhibitor | ||||||
要素 | MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / mnk2 / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / cellular response to arsenic-containing substance / calmodulin-dependent protein kinase activity / 造血 / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / PML body / regulation of translation / cell surface receptor signaling pathway / nuclear body / calmodulin binding ...calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / cellular response to arsenic-containing substance / calmodulin-dependent protein kinase activity / 造血 / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / PML body / regulation of translation / cell surface receptor signaling pathway / nuclear body / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.95 Å | ||||||
データ登録者 | Han, Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018 タイトル: Structure-based Design of Pyridone-Aminal eFT508 Targeting Dysregulated Translation by Selective Mitogen-activated Protein Kinase Interacting Kinases 1 and 2 (MNK1/2) Inhibition. 著者: Reich, S.H. / Sprengeler, P.A. / Chiang, G.G. / Appleman, J.R. / Chen, J. / Clarine, J. / Eam, B. / Ernst, J.T. / Han, Q. / Goel, V.K. / Han, E.Z.R. / Huang, V. / Hung, I.N.J. / Jemison, A. / ...著者: Reich, S.H. / Sprengeler, P.A. / Chiang, G.G. / Appleman, J.R. / Chen, J. / Clarine, J. / Eam, B. / Ernst, J.T. / Han, Q. / Goel, V.K. / Han, E.Z.R. / Huang, V. / Hung, I.N.J. / Jemison, A. / Jessen, K.A. / Molter, J. / Murphy, D. / Neal, M. / Parker, G.S. / Shaghafi, M. / Sperry, S. / Staunton, J. / Stumpf, C.R. / Thompson, P.A. / Tran, C. / Webber, S.E. / Wegerski, C.J. / Zheng, H. / Webster, K.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6cki.cif.gz | 66.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6cki.ent.gz | 52.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cki.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6cki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6cki | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35604.461 Da / 分子数: 1 / 変異: D228G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MKNK2, GPRK7, MNK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 参照: UniProt: Q9HBH9, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-FZJ / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.9 % |
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結晶化 | 温度: 300.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20-30% (w/v) polyacrylic acid 5100, 1-5% PEG 400, and 50 mM Hepes (pH 7.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.95→56.7 Å / Num. obs: 9676 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.95→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 18.264 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.187 / ESU R Free: 0.376 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 105.376 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.95→40 Å
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拘束条件 |
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