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Yorodumi- PDB-6ck0: Crystal Structure of Biotin Acetyl Coenzyme A Carboxylase Synthet... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ck0 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Biotin Acetyl Coenzyme A Carboxylase Synthetase from Helicobacter pylori with bound Biotinylated ATP | ||||||
Components | Biotin acetyl coenzyme A carboxylase synthetase | ||||||
Keywords | LIGASE / SSGCID / biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase activity / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase activity / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / protein modification process => GO:0036211 / Chem-F5D / Biotin acetyl coenzyme A carboxylase synthetase Function and homology information | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of Biotin Acetyl Coenzyme A Carboxylase Synthetase from Helicobacter pylori with bound Biotinylated ATP Authors: Dranow, D.M. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ck0.cif.gz | 187.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ck0.ent.gz | 146.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ck0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6ck0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6ck0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3l1aS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25014.883 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori (strain G27) (bacteria) Strain: G27 / Gene: HPG27_1085 / Plasmid: HepyC.19466.a.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B5Z8D8 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 Details: HepyC.19466.a.B1.PS38345 at 23.36 mg/ml was incubated with 6 mM MgCl2, ATP, and biotin, then mixed 1:1 with JCSG+(b1): 0.1 M sodium citrate tribasic/ citric acid, pH=4.0, 0.8 M ammonium ...Details: HepyC.19466.a.B1.PS38345 at 23.36 mg/ml was incubated with 6 mM MgCl2, ATP, and biotin, then mixed 1:1 with JCSG+(b1): 0.1 M sodium citrate tribasic/ citric acid, pH=4.0, 0.8 M ammonium sulfate. Crystal cryoprotected with 25% ethylene glycol. Tray: 295125b1, puck: xga0-9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 24, 2017 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→47.95 Å / Num. obs: 23767 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 3.92 % / Biso Wilson estimate: 36.37 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 18.29 / Num. measured all: 93167 / Scaling rejects: 580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3L1A Resolution: 2.25→47.95 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 26.42
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.61 Å2 / Biso mean: 42.3463 Å2 / Biso min: 14.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.25→47.95 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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