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Yorodumi- PDB-6chq: Phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD) in complex with 2-b... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6chq | ||||||
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Title | Phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD) in complex with 2-benzyl-N-(3-chloro-4-methylphenyl)-5-methyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine | ||||||
Components | Phosphopantetheine adenylyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / PPAT CaaD / FBDD Gram-negative antibacterial antibiotic / Transferase Transferase-antibiotic complex / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.79 Å | ||||||
Authors | Mamo, M. / Appleton, B.A. | ||||||
Citation | Journal: J. Med. Chem. / Year: 2018 Title: Discovery and Optimization of Phosphopantetheine Adenylyltransferase Inhibitors with Gram-Negative Antibacterial Activity. Authors: Skepper, C.K. / Moreau, R.J. / Appleton, B.A. / Benton, B.M. / Drumm, J.E. / Feng, B.Y. / Geng, M. / Hu, C. / Li, C. / Lingel, A. / Lu, Y. / Mamo, M. / Mergo, W. / Mostafavi, M. / Rath, C.M. ...Authors: Skepper, C.K. / Moreau, R.J. / Appleton, B.A. / Benton, B.M. / Drumm, J.E. / Feng, B.Y. / Geng, M. / Hu, C. / Li, C. / Lingel, A. / Lu, Y. / Mamo, M. / Mergo, W. / Mostafavi, M. / Rath, C.M. / Steffek, M. / Takeoka, K.T. / Uehara, K. / Wang, L. / Wei, J.R. / Xie, L. / Xu, W. / Zhang, Q. / de Vicente, J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6chq.cif.gz | 153.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6chq.ent.gz | 122.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6chq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/6chq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/6chq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6chlC 6chmC 6chnC 6choC 6chpC 6ckwC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 | x 12
| x 12||||||||
Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 18073.846 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: coaD, kdtB, yicA, b3634, JW3609 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P0A6I6, pantetheine-phosphate adenylyltransferase |
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-Non-polymers , 5 types, 278 molecules
#2: Chemical | ChemComp-F0V / | ||||||
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#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.3 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.2 M potassium bromide |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 R 1M / Detector: PIXEL / Date: Sep 14, 2017 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.79→42.43 Å / Num. obs: 37868 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 28.34 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 39.7 / Num. measured all: 752555 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.79→42.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU R Cruickshank DPI: 0.103 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.108 / SU Rfree Blow DPI: 0.098 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.096
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Displacement parameters | Biso max: 101.84 Å2 / Biso mean: 32.23 Å2 / Biso min: 15.31 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.79→42.43 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.79→1.84 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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