PDB-6cgm: X-ray crystal structure of Bacillus subtilis ribonucleotide reduc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cgm

タイトル

X-ray crystal structure of Bacillus subtilis ribonucleotide reductase NrdE alpha subunit (nucleotide free)

要素

Ribonucleoside-diphosphate reductase

リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

ribonucleotide reductase (リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ) /

allostery (アロステリック効果) /

nucleotide metabolism (ヌクレオチド) /

dAMP

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside-diphosphate reductase complex /

リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process /

DNA複製 /

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Maggiolo, A.O. / Boal, A.K.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: An endogenous dAMP ligand inBacillus subtilisclass Ib RNR promotes assembly of a noncanonical dimer for regulation by dATP.
著者: Parker, M.J. / Maggiolo, A.O. / Thomas, W.C. / Kim, A. / Meisburger, S.P. / Ando, N. / Boal, A.K. / Stubbe, J.

履歴

登録	2018年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cgm.cif.gz	152.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cgm.ent.gz	117.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cgm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/6cgm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/6cgm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cglC 6cgnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1fc4-d 2bwo-1 4dqp-1 2bwo-2 7bxs-d 3px6-2 5cc5-d 2hvi-2 1peo-d 4wyc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase

ヘテロ分子

81 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.855, 72.855, 296.142
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1121- HOH

#1: タンパク質	Ribonucleoside-diphosphate reductase / リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ分子量: 80791.469 Da / 分子数: 1 / 断片: \cf2 \cf0 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: tag removed for crystallization / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_3413, CFD21_09965 / プラスミド: pE-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A162Q3J9, UniProt: P50620*PLUS, リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.45 % / Mosaicity: 0.285 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.0), 10% (w/v) PEG 6000, 9 mM TCEP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月9日

放射

モノクロメーター: Si DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 55327 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.9 % / R_merge(I) obs: 0.111 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.114 / Χ²: 0.952 / Net I/σ(I): 4.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	10.4	0.74	2716	0.827	0.237	0.778	0.92	100
2.03-2.07	13.2	0.669	2710	0.911	0.189	0.695	0.94	100
2.07-2.11	15.4	0.615	2679	0.929	0.161	0.636	0.955	100
2.11-2.15	17.8	0.556	2730	0.953	0.134	0.572	0.95	100
2.15-2.2	20.1	0.502	2705	0.969	0.114	0.515	0.971	100
2.2-2.25	21.4	0.439	2702	0.974	0.096	0.45	0.964	100
2.25-2.31	23.5	0.394	2717	0.983	0.082	0.402	0.969	100
2.31-2.37	23.6	0.348	2735	0.984	0.072	0.356	0.971	100
2.37-2.44	23.3	0.299	2722	0.989	0.063	0.306	0.987	100
2.44-2.52	22.7	0.262	2751	0.991	0.055	0.267	0.988	100
2.52-2.61	22.1	0.229	2718	0.993	0.049	0.234	1.008	100
2.61-2.71	22.4	0.204	2760	0.994	0.044	0.209	1.009	100
2.71-2.84	23.6	0.166	2722	0.996	0.034	0.17	1.005	100
2.84-2.99	23.6	0.141	2766	0.997	0.029	0.144	1.013	100
2.99-3.17	23.3	0.114	2788	0.998	0.024	0.116	0.995	100
3.17-3.42	22.3	0.087	2767	0.999	0.019	0.089	0.994	100
3.42-3.76	22.8	0.068	2812	0.999	0.014	0.07	0.975	100
3.76-4.31	23.3	0.055	2846	0.999	0.011	0.056	0.885	100
4.31-5.43	21.4	0.05	2872	0.999	0.011	0.051	0.799	100
5.43-50	21.1	0.044	3109	0.999	0.01	0.045	0.719	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0131	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 3.907 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.158
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2347	2793	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1926	-	-	-
obs	0.1947	52214	99.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.09 Å² / B_iso mean: 30.074 Å² / B_iso min: 13.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5342	0	12	325	5679
B_iso mean	-	-	45.26	31.28	-
残基数	-	-	-	-	657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	5464
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.31	1.951	7349
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.921	3	11874
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.137	5	651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.935	24.649	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.767	15	994
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.177	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	790
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6126
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1285

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	197	-
R_work	0.277	3704	-
all	-	3901	-
obs	-	-	97.87 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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