ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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XDS | | データ削減 | REFMAC | 5.8.0135精密化 | PDB_EXTRACT | 3.24 | データ抽出 | XDS | | データスケーリング | MOLREP | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法 : 分子置換 開始モデル: 6CF8 解像度: 2.29→126.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 6.669 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.182 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor![](img/lk-wikipe.gif) | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree![](img/lk-wikipe.gif) | 0.2321 | 2086 | 4.9 % | RANDOM |
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Rwork![](img/lk-wikipe.gif) | 0.1997 | - | - | - |
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obs | 0.2014 | 40096 | 98.67 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 153.99 Å2 / Biso mean: 62.451 Å2 / Biso min: 37.54 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.29→126.34 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4276 | 0 | 16 | 224 | 4516 |
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Biso mean | - | - | 82.83 | 58.55 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 516 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.009 | 0.02 | 4391 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.001 | 0.02 | 4213 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.286 | 1.963 | 5918 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg0.93 | 3 | 9709 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg5.133 | 5 | 515 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg36.601 | 24.954 | 218 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg14.345 | 15 | 815 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg16.935 | 15 | 16 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.076 | 0.2 | 632 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.005 | 0.02 | 4927 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 1047 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.289→2.348 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.436 | 126 | - |
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Rwork | 0.389 | 2807 | - |
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all | - | 2933 | - |
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obs | - | - | 92.85 % |
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