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- PDB-6byc: Crystal structure of the GH2 exo-beta-mannanase from Xanthomonas ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6byc | ||||||
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Title | Crystal structure of the GH2 exo-beta-mannanase from Xanthomonas axonopodis pv. citri | ||||||
![]() | Beta-mannosidase![]() | ||||||
![]() | HYDROLASE/CARBOHYDRATE / ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Domingues, M.N. / Vieira, P.S. / Morais, M.A.B. / Murakami, M.T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis of exo-beta-mannanase activity in the GH2 family. Authors: Domingues, M.N. / Souza, F.H.M. / Vieira, P.S. / de Morais, M.A.B. / Zanphorlin, L.M. / Dos Santos, C.R. / Pirolla, R.A.S. / Honorato, R.V. / de Oliveira, P.S.L. / Gozzo, F.C. / Murakami, M.T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 199.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 153.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6byeC ![]() 6bygC ![]() 6byiC ![]() 2je8S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 97113.281 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 306 / Gene: XAC3075 / Production host: ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #3: Chemical | ![]() #4: Chemical | ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.68 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Ammonium acetate Bis-Tris pH 5.5 PEG 10000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Dec 1, 2016 | ||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.897→19.978 Å / Num. obs: 71912 / % possible obs: 94.91 % / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 25.35 Å2 / Net I/σ(I): 7.9 | ||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 2JE8 Resolution: 1.897→19.978 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.44
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 71.42 Å2 / Biso mean: 27.0768 Å2 / Biso min: 12.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.897→19.978 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
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