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- PDB-6bwv: Crystal Structure of the 4-1BB/4-1BBL Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bwv
タイトルCrystal Structure of the 4-1BB/4-1BBL Complex
要素
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / TNF superfamily (腫瘍壊死因子) / TNFR superfamily / CD137
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of T cell proliferation / positive regulation of activated T cell proliferation / cytokine activity / cell-cell signaling / signaling receptor activity ...tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of T cell proliferation / positive regulation of activated T cell proliferation / cytokine activity / cell-cell signaling / signaling receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of apoptotic process / 免疫応答 / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / apoptotic process / extracellular space / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / Tumour necrosis factor receptor 9 / Tumour necrosis factor receptor 9, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family ...Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / Tumour necrosis factor receptor 9 / Tumour necrosis factor receptor 9, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / リボン / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Oganesyan, V. / Gilbreth, R.N. / Baca, M.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the human 4-1BB/4-1BBL complex.
著者: Gilbreth, R.N. / Oganesyan, V.Y. / Amdouni, H. / Novarra, S. / Grinberg, L. / Barnes, A. / Baca, M.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
E: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2205
ポリマ－63,1144
非ポリマー1061
水81145
1
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
E: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
E: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
E: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9899
ポリマ－94,6706
非ポリマー3183
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
2
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6706
ポリマ－94,6706
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)161.571, 161.571, 161.571
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-317-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12D
22E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNAA89 - 2423 - 156
21GLNGLNBB89 - 2423 - 156
12ASPASPDC26 - 1603 - 137
22ASPASPED26 - 1603 - 137

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / 4-1BB ligand / 4-1BBL


分子量: 16438.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41273
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 / 4-1BB ligand receptor / CDw137 / T-cell antigen 4-1BB homolog / T-cell antigen ILA


分子量: 15118.044 Da / 分子数: 2 / Mutation: C121S, N138D, N149Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF9, CD137, ILA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07011
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Potassium citrate tribasic monohydrate 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→38 Å / Num. obs: 27518 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.6 % / Biso Wilson estimate: 46 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 1.449 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2863 / CC1/2: 0.799 / Rpim(I) all: 0.467 / Rrim(I) all: 1.523 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2X29

2x29


解像度: 2.4→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 10.02 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.364 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26479 1086 3.9 %RANDOM
Rwork0.22651 ---
obs0.22799 26418 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.182 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4150 0 7 45 4202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0194250
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1221.9575748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82738947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5115548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54223.702181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.00715686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2411532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214782
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02862
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7516.1432216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7516.142215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3969.1932756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3969.1962757
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9276.4912034
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9276.4912034
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7439.592993
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.00671.1194239
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.99871.1044236
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A79400.07
12B79400.07
21D75540.08
22E75540.08
LS精密化 シェル解像度: 2.401→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 92 -
Rwork0.375 1913 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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