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万見
- PDB-6bqj: CRYSTAL STRUCTURE OF HEPATIS C VIRUS PROTEASE (NS3) COMPLEXED WIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bqj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HEPATIS C VIRUS PROTEASE (NS3) COMPLEXED WITH TRIPEPTIDIC ACYL SULFONAMIDE INHIBITOR (COMPOUND 16)
要素NS3 protease
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hexokinase activity / modulation by virus of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / TBC/RABGAPs / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet ...positive regulation of hexokinase activity / modulation by virus of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / TBC/RABGAPs / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / positive regulation of cytokinesis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell membrane / negative regulation of protein secretion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / serine-type peptidase activity / virion component / kinase binding / SH3 domain binding / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal ...Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Βバレル / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Chem-Z1B / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Klei, H.E. / Sack, J.S.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2018
タイトル: Potent Inhibitors of Hepatitis C Virus NS3 Protease: Employment of a Difluoromethyl Group as a Hydrogen-Bond Donor.
著者: Zheng, B. / D'Andrea, S.V. / Sun, L.Q. / Wang, A.X. / Chen, Y. / Hrnciar, P. / Friborg, J. / Falk, P. / Hernandez, D. / Yu, F. / Sheaffer, A.K. / Knipe, J.O. / Mosure, K. / Rajamani, R. / ...著者: Zheng, B. / D'Andrea, S.V. / Sun, L.Q. / Wang, A.X. / Chen, Y. / Hrnciar, P. / Friborg, J. / Falk, P. / Hernandez, D. / Yu, F. / Sheaffer, A.K. / Knipe, J.O. / Mosure, K. / Rajamani, R. / Good, A.C. / Kish, K. / Tredup, J. / Klei, H.E. / Paruchuri, M. / Ng, A. / Gao, Q. / Rampulla, R.A. / Mathur, A. / Meanwell, N.A. / McPhee, F. / Scola, P.M.
履歴
登録2017年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.22024年3月13日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS3 protease
B: NS3 protease
C: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,84618
ポリマ－69,7843
非ポリマー3,06315
水5,603311
1
A: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2826
ポリマ－23,2611
非ポリマー1,0215
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2235
ポリマ－23,2611
非ポリマー9624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3417
ポリマ－23,2611
非ポリマー1,0806
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.440, 57.470, 89.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 NS3 protease


分子量: 23261.316 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A075D220, UniProt: P27958*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 326分子

#2: 化合物 ChemComp-Z1B / N-(tert-butoxycarbonyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-N-{(2S)-1-[(cyclopropylsulfonyl)amino]-4,4-difluoro-1-oxobutan-2-yl}-4-[(7-methoxy-2-phenylquinolin-4-yl)oxy]-L-prolinamide


分子量: 801.896 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H49F2N5O9S
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 91563 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 25.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 3.88→50 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Mean I/σ(I) obs: 23.3 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
精密化解像度: 1.69→24.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU R Cruickshank DPI: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.086 / SU Rfree Blow DPI: 0.079 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.079
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 4582 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 91563 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1399 Å20 Å2-0.8919 Å2
2--2.981 Å20 Å2
3----1.8412 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→24.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4256 0 180 311 4747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014540HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.066222HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1497SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes837HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4540HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.1
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion634SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5499SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.73 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2654 299 4.53 %
Rwork0.2405 6304 -
all0.2416 6603 -
obs--97.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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