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- PDB-6bho: Green Light-Absorbing State of NpR6012g4, a Red/Green Cyanobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bho
タイトルGreen Light-Absorbing State of NpR6012g4, a Red/Green Cyanobacteriochrome
要素Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with phytochrome sensor
キーワードSIGNALING PROTEIN / CBCR / phytochrome (フィトクロム) / bilin / cyanobacteria (藍藻)
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane signaling receptor activity / 走化性 / シグナル伝達 / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Chemotaxis methyl-accepting receptor / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / GAF domain / HAMP domain profile. / HAMP domain ...Chemotaxis methyl-accepting receptor / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / GAF domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Β-ラクタマーゼ / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フィコシアノビリン / Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with phytochrome sensor
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc punctiforme PCC 73102 (バクテリア)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Lim, S. / Yu, Q. / Rockwell, N.C. / Martin, S.S. / Lagarias, J.C. / Ames, J.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)BES DE-FG02-09ER16117 米国
引用
ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Correlating structural and photochemical heterogeneity in cyanobacteriochrome NpR6012g4.
著者: Lim, S. / Yu, Q. / Gottlieb, S.M. / Chang, C.W. / Rockwell, N.C. / Martin, S.S. / Madsen, D. / Lagarias, J.C. / Larsen, D.S. / Ames, J.B.
#1: ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2016
タイトル: 1H, 13C, and 15N chemical shift assignments of cyanobacteriochrome NpR6012g4 in the green-absorbing photoproduct state.
著者: Lim, S. / Yu, Q. / Rockwell, N.C. / Martin, S.S. / Lagarias, J.C. / Ames, J.B.
履歴
登録2017年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年5月9日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with phytochrome sensor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9902
ポリマ－20,4021
非ポリマー5891
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with phytochrome sensor


分子量: 20401.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc punctiforme PCC 73102 (バクテリア)
株: ATCC 29133 / PCC 73102 / 遺伝子: Npun_R6012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2IU14
#2: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN / フィコシアノビリン


分子量: 588.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic13D HNCO
132isotropic13D HNCA
142isotropic13D HN(CA)CB
152isotropic13D CBCA(CO)NH
162isotropic13D HN(CA)CO
172isotropic13D HBHA(CO)NH
181isotropic13D 15N TOCSY-HSQC
191isotropic13D 15N NOESY-HSQC
1102isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1113anisotropic12D 15N IPAP-HSQC
1122isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1132isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1142isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
1152isotropic13D 13C NOESY HSQC
1162isotropic13D 13C,15N Filtered/Edited HSQC-NOESY
1172isotropic13D 13C,15N Filtered/Edited NOESY-HSQC
1182isotropic12D Filtered NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution120 mM N.A. sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O15N sample95% H2O/5% D2O
solution220 mM N.A. potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O15N13C sample95% H2O/5% D2O
filamentous virus320 mM N.A. potassium phosphate, 12 mM N.A. Pf1 phage, 95% H2O/5% D2O15N sample with phage95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium phosphateN.A.1
20 mMpotassium phosphateN.A.2
20 mMpotassium phosphateN.A.3
12 mMPf1 phageN.A.3
試料状態イオン強度: 49 mM / Label: condition 1 / pH: 7.4 / 圧: 1013 mbar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.44SCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJANDRA AND CLORE精密化
NMRPipe8.9構造決定
Sparky3.12構造決定
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: EXPLICIT WATER REFINEMENT
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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