+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bed | ||||||
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Title | Crystal structure of VACV D13 in complex with Rifampicin | ||||||
Components | Scaffold protein D13Scaffolding | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / POXVIRUS / ASSEMBLY / SCAFFOLDING PROTEIN / RIFAMPICIN RESISTANCE / IMMATURE VIRION | ||||||
Function / homology | Poxvirus rifampicin-resistance / Poxvirus rifampicin resistance protein / response to antibiotic / membrane / identical protein binding / FORMIC ACID / RIFAMPICIN / Scaffold protein OPG125 Function and homology information | ||||||
Biological species | Vaccinia virus WR | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.75 Å | ||||||
Authors | Garriga, D. / Accurso, C. / Coulibaly, F. | ||||||
Funding support | Australia, 1items
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Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2018 Title: Structural basis for the inhibition of poxvirus assembly by the antibiotic rifampicin. Authors: Garriga, D. / Headey, S. / Accurso, C. / Gunzburg, M. / Scanlon, M. / Coulibaly, F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6bed.cif.gz | 340.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6bed.ent.gz | 273.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6bed.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/6bed ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/6bed | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6bebC 6becC 6beeC 6befC 6begC 6behC 6beiC 3samS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 62076.656 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vaccinia virus WR / Strain: Western Reserve / Gene: VACWR118, D13L / Plasmid: pPROEX-HTa / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P68440 #2: Chemical | ChemComp-FMT / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-RFP / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.61 Å3/Da / Density % sol: 65.92 % / Description: hexagonal bypiramidal |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.8 / Details: 3.5-4.0 M sodium formate and 0.1 M citric acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 1.00002 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Mar 29, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) double-crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00002 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.71→19.99 Å / Num. obs: 74019 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 43.966 % / Biso Wilson estimate: 74.49 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.224 / Rrim(I) all: 0.227 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 23.56 / Num. measured all: 3254317 / Scaling rejects: 30653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdbid 3SAM Resolution: 2.75→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU R Cruickshank DPI: 0.519 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.542 / SU Rfree Blow DPI: 0.284 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.286
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Displacement parameters | Biso max: 140.97 Å2 / Biso mean: 60.85 Å2 / Biso min: 26.83 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.75→19.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.75→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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