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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b9q | ||||||||||||||||||
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タイトル | Single particle cryo-EM structure determination of the LuIII capsid protein | ||||||||||||||||||
要素 | Capsid protein VP2カプシド | ||||||||||||||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / Parvoviridae (パルボウイルス) / VP2 capsid protein | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Parvovirus LuIII (ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Pittman, N.C. / Agbandje-McKenna, M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2017 タイトル: Atomic Resolution Structure of the Oncolytic Parvovirus LuIII by Electron Microscopy and 3D Image Reconstruction. 著者: Nikéa Pittman / Adam Misseldine / Lorena Geilen / Sujata Halder / J Kennon Smith / Justin Kurian / Paul Chipman / Mandy Janssen / Robert Mckenna / Timothy S Baker / Anthony D'Abramo / Susan ...著者: Nikéa Pittman / Adam Misseldine / Lorena Geilen / Sujata Halder / J Kennon Smith / Justin Kurian / Paul Chipman / Mandy Janssen / Robert Mckenna / Timothy S Baker / Anthony D'Abramo / Susan Cotmore / Peter Tattersall / Mavis Agbandje-McKenna / 要旨: LuIII, a protoparvovirus pathogenic to rodents, replicates in human mitotic cells, making it applicable for use to kill cancer cells. This virus group includes H-1 parvovirus (H-1PV) and minute virus ...LuIII, a protoparvovirus pathogenic to rodents, replicates in human mitotic cells, making it applicable for use to kill cancer cells. This virus group includes H-1 parvovirus (H-1PV) and minute virus of mice (MVM). However, LuIII displays enhanced oncolysis compared to H-1PV and MVM, a phenotype mapped to the major capsid viral protein 2 (VP2). This suggests that within LuIII VP2 are determinants for improved tumor lysis. To investigate this, the structure of the LuIII virus-like-particle was determined using single particle cryo-electron microscopy and image reconstruction to 3.17 Å resolution, and compared to the H-1PV and MVM structures. The LuIII VP2 structure, ordered from residue 37 to 587 (C-terminal), had the conserved VP topology and capsid morphology previously reported for other protoparvoviruses. This includes a core β-barrel and α-helix A, a depression at the icosahedral 2-fold and surrounding the 5-fold axes, and a single protrusion at the 3-fold axes. Comparative analysis identified surface loop differences among LuIII, H-1PV, and MVM at or close to the capsid 2- and 5-fold symmetry axes, and the shoulder of the 3-fold protrusions. The 2-fold differences cluster near the previously identified MVM sialic acid receptor binding pocket, and revealed potential determinants of protoparvovirus tumor tropism. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6b9q.cif.gz | 5.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6b9q.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6b9q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/6b9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/6b9q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65489.953 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Parvovirus LuIII (ウイルス) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P36310 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: LuIII virus / タイプ: VIRUS / 詳細: Overexpression of VP2 in Sf9 cells / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 3.9 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: LuIII virus (ウイルス) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | |||||||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | |||||||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: unidentified | |||||||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 名称: VP / 直径: 280 nm / 三角数 (T数): 1 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse. | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/4 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 1.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF post-column filter |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 2-30 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10-2155_2155: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 20142 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18134 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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