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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b4e | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Gle1 CTD-Nup42 GBM complex | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Complex / Nuclear Pore Complex (核膜孔) / mRNA export / DEAD-box helicase | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to salt stress / mRNA export from nucleus in response to heat stress / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore central transport channel / regulation of translational termination / tRNA export from nucleus / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / inositol hexakisphosphate binding / structural constituent of nuclear pore ...cellular response to salt stress / mRNA export from nucleus in response to heat stress / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore central transport channel / regulation of translational termination / tRNA export from nucleus / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / inositol hexakisphosphate binding / structural constituent of nuclear pore / regulation of translational initiation / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nucleocytoplasmic transport / NLS-bearing protein import into nucleus / enzyme activator activity / mRNA export from nucleus / translation initiation factor binding / 核膜孔 / phospholipid binding / 転写後修飾 / transcription corepressor activity / protein transport / 核膜 / 核膜 / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Lin, D.H. / Correia, A.R. / Cai, S.W. / Huber, F.M. / Jette, C.A. / Hoelz, A. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structural and functional analysis of mRNA export regulation by the nuclear pore complex. 著者: Lin, D.H. / Correia, A.R. / Cai, S.W. / Huber, F.M. / Jette, C.A. / Hoelz, A. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6b4e.cif.gz | 490.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6b4e.ent.gz | 418.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6b4e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/6b4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/6b4e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34258.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GLE1, BRR3, RSS1, YDL207W, D1049 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12315 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4076.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUP42, RIP1, UIP1, YDR192C, YD9346.04C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49686 #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.17 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M HEPES pH 8.2, 11 % (w/v/) PEG 3350, 0.2 M L-Proline |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→47.3 Å / Num. obs: 85335 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 21.8 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.025 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 10.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 7866 / CC1/2: 0.573 / Rpim(I) all: 0.398 / Rsym value: 1.27 / % possible all: 93.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3RRN 解像度: 1.75→47.299 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.299 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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