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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b2x | ||||||
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タイトル | Apo YiuA Crystal Form 1 | ||||||
要素 | Solute-binding periplasmic protein of iron/siderophore ABC transporter | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / Transition metal homeostasis / Yersinia pestis (ペスト菌) / Cluster A-2 (パーソナリティ障害) / Substrate-binding protein | ||||||
機能・相同性 | ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / ペリプラズム / Solute-binding periplasmic protein of iron/siderophore ABC transporter 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Yersinia pestis (ペスト菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å | ||||||
データ登録者 | Radka, C.D. / DeLucas, L.J. / Aller, S.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017 タイトル: The crystal structure of the Yersinia pestis iron chaperone YiuA reveals a basic triad binding motif for the chelated metal. 著者: Radka, C.D. / Chen, D. / DeLucas, L.J. / Aller, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6b2x.cif.gz | 153.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6b2x.ent.gz | 118.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6b2x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/6b2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/6b2x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43686.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: yiuA, y2875 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8D027 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.72 % / 解説: long thin bars |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 10 mM MES pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.2828 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月19日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2828 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.199→50 Å / Num. obs: 34143 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.199→2.24 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Num. unique obs: 1605 / CC1/2: 0.984 / Rpim(I) all: 0.162 / % possible all: 93.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4MO9 解像度: 2.199→41.465 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.75
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.199→41.465 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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