PDB-6b1b: STRUCTURE OF 4-HYDROXYPHENYLACETATE 3-MONOOXYGENASE (HPAB), OXYGE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b1b

タイトル

STRUCTURE OF 4-HYDROXYPHENYLACETATE 3-MONOOXYGENASE (HPAB), OXYGENASE COMPONENT FROM ESCHERICHIA COLI MUTANT XS6 (APO Enzyme)

要素

4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase, oxygenase subunit

4-ヒドロキシフェニル酢酸-3-モノオキシゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PROTEIN ENGINEERING: 4-HYDROXYPHENYLACETATE 3-MONOOXYGENASE /

OXYGENASE COMPONENT (酸素添加酵素) / OXIDOREDUCTASE ACTIVE SITE LOOP MUTANT 7.2

機能・相同性

機能・相同性情報

phenylacetate catabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen /

flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.944 Å

データ登録者

Zhou, D. / Kandavelu, P. / Wang, B.C. / Yan, Y. / Rose, J.P.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural Insights into Catalytic Versatility of the Flavin-dependent Hydroxylase (HpaB) from Escherichia coli.
著者: Shen, X. / Zhou, D. / Lin, Y. / Wang, J. / Gao, S. / Kandavelu, P. / Zhang, H. / Zhang, R. / Wang, B.C. / Rose, J. / Yuan, Q. / Yan, Y.

履歴

登録	2017年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b1b.cif.gz	432.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b1b.ent.gz	350.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b1b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/6b1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/6b1b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eb0C 5um5 PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6eb0-d 6qyh-1 4oo2-d 6qyi-1 4743 4il0-1 4rjj-3 5z2u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase, oxygenase subunit

B: 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase, oxygenase subunit

ヘテロ分子

120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase, oxygenase subunit

B: 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase, oxygenase subunit

ヘテロ分子

A: 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase, oxygenase subunit

B: 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase, oxygenase subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
240 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.455, 100.455, 336.435
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1143- HOH
2	1	A-1161- HOH
3	1	A-1202- HOH
4	1	B-2523- HOH
5	1	B-2556- HOH

#1: タンパク質	4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase, oxygenase subunit / 4-ヒドロキシフェニル酢酸-3-モノオキシゲナーゼ分子量: 59768.348 Da / 分子数: 2 / 変異: F208S, A211D, Q212L. V213G, M214S, E216S, N217D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Active site loop mutant 7.2 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌) 株: B / BL21-DE3 / 遺伝子: ECBD_3674 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A140NG21
#2: 化合物	ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド / トリメチルアミン-N-オキシド分子量: 75.110 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃H₉NO
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1061 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.42 % 解説: Crystal is a clear colorless prism measuring 80 BY 50 BY 10 microns
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 291K USING 2 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION AND A WELL SOLUTION CONTAINING 1.0 M SUCCINIC ACID, 0.1 M HEPES, AND 1% W/V ...詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 291K USING 2 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION AND A WELL SOLUTION CONTAINING 1.0 M SUCCINIC ACID, 0.1 M HEPES, AND 1% W/V POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 2,000 AT PH 7.0. CRYOPROTECTANT WAS MADE BY ADDING 30 % (V/V) GLYCEROL TO THE PRECIPITANT COCKTAIL. PH範囲: 7

結晶

マシュー密度: 3.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.42 %
解説: Crystal is a clear colorless prism measuring 80 BY 50 BY 10 microns

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 291K USING 2 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION AND A WELL SOLUTION CONTAINING 1.0 M SUCCINIC ACID, 0.1 M HEPES, AND 1% W/V ...
PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月8日 / 詳細: ROSENBAUM ROCK
放射	モノクロメーター: SI (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.944→46.36 Å / Num. obs: 127481 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17.2 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 29.736
反射シェル	解像度: 1.944→1.98 Å / 冗長度: 16.8 % / R_merge(I) obs: 0.698 / Mean I/σ(I) obs: 8.449 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000	V0.714	データ削減
SCALEPACK	V0.714	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UM5

5um5
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.944→44.53 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 14.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1661	1999	1.57 %
R_work	0.1516	-	-
obs	0.1518	127312	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.944→44.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8129	0	40	1061	9230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8353
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.939	11325
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.537	4961
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1195
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1473

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9437-1.9923	0.2058	139	0.1748	8676	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9923-2.0462	0.1956	141	0.1638	8827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0462-2.1064	0.1947	141	0.1545	8852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1064-2.1744	0.1739	140	0.1521	8832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1744-2.2521	0.1752	142	0.1474	8855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2521-2.3423	0.1636	142	0.1465	8877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3423-2.4489	0.1788	142	0.1512	8913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4489-2.578	0.1716	142	0.1587	8890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.578-2.7395	0.1677	142	0.1528	8902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7395-2.951	0.1562	142	0.1524	8963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.951-3.2479	0.1537	144	0.1451	8976	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2479-3.7176	0.1453	144	0.1383	9044	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7176-4.683	0.16	146	0.1351	9150	X-RAY DIFFRACTION	100
4.683-44.5413	0.1667	152	0.1749	9556	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4047	-0.1449	0.2122	0.4601	-0.1184	1.2511	-0.0415	0.1849	-0.0082	-0.4061	0.0305	0.1509	0.3693	0.2381	0.0159	-0.096	0.157	0.1812	0.2604	-0.041	0.0135	42.7489	-3.2007	14.7319
2	0.5254	-0.0328	-0.0731	0.4279	-0.0726	0.4489	0.0033	0.1061	0.0476	0.0003	-0.0412	-0.0316	-0.0297	0.1203	0.0269	0.06	0.0106	0.0117	0.2049	0.0261	0.0937	37.2655	12.0343	13.4538
3	0.5407	0.3	-0.1983	0.6719	-0.4023	0.723	0.0181	0.01	0.0935	0.0618	-0.0809	-0.0652	-0.0678	0.2936	0.0476	0.0654	-0.0068	0.0079	0.2539	0.0265	0.144	47.3604	12.7252	24.1376
4	0.3192	-0.3074	0.1074	0.7683	-0.1224	0.5257	-0.0062	0.045	-0.022	0.107	0.0189	0.0656	0.0847	0.0035	0.0029	0.077	0.0099	0.0068	0.0858	-0.0055	0.0821	19.3581	0.9395	29.8882
5	0.7138	-0.3896	0.4541	2.4454	0.8222	0.8631	-0.0819	0.0267	0.1264	-0.0749	0.0083	-0.0333	0.0181	0.0854	0.0549	0.1016	0.0296	0.0068	0.0882	0.0054	0.0667	27.13	-1.6272	34.5746
6	0.7002	-0.2059	-0.081	0.5899	0.026	0.4817	-0.0546	0.0937	0.1151	0.0317	-0.018	-0.0487	-0.2221	-0.0316	0.0113	0.1825	0.0179	-0.0359	0.075	0.0096	0.0911	6.8169	40.6172	29.9261
7	0.3931	-0.1378	-0.0026	0.4007	0.2714	0.901	-0.0462	0.0695	0.0298	-0.0183	-0.0139	0.0294	-0.1259	-0.2232	0.0302	0.0663	0.0376	-0.029	0.1645	0.0028	0.0882	-10.6823	26.8521	16.2268
8	0.5723	0.3196	0.3113	0.6356	0.4438	0.8772	0.0074	-0.045	-0.0916	0.1005	-0.0559	0.0633	0.0724	-0.3169	0.0366	0.0651	-0.0046	0.0028	0.2273	0.0025	0.1373	-17.8775	18.6823	26.57
9	0.5005	0.0685	0.089	0.7702	0.222	0.847	0.0146	0.0205	-0.0005	0.0942	0.0094	-0.0446	-0.024	-0.0165	-0.0149	0.0447	0.0115	-0.0106	0.063	0.0133	0.0752	10.9118	23.3368	26.5847
10	0.6778	0.3779	0.0062	1.5325	0.3319	0.6427	-0.0139	-0.0004	-0.0402	0.0865	0.0373	-0.0764	-0.1415	0.0429	0.0008	0.1791	0.0287	-0.0217	0.0666	0.011	0.0853	6.0398	41.563	40.3194
11	0.6214	-0.1291	0.1217	0.5882	-0.1487	0.4709	-0.0229	0.0794	-0.0822	-0.0082	-0.0107	0.0366	0.2123	0.0455	0.0082	0.1555	0.0243	0.0189	0.0934	-0.0158	0.0806	22.4178	-8.8196	27.3731

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 71 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 72 through 167 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 168 through 300 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 301 through 431 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 432 through 464 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 465 through 520 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 166 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 167 through 300 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 301 through 396 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 397 through 464 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 465 through 519 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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