+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6arz | ||||||
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Title | Structure of a phage anti-CRISPR protein | ||||||
Components | Uncharacterized protein | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Prophage protein. Anti-CRISPR | ||||||
Function / homology | BROMIDE ION / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas phage JBD5 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Calmettes, C. / Shah, M. / Pawluk, A. / Davidson, A.R. / Maxwell, K.L. / Moraes, T.F. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: MBio / Year: 2017 Title: Disabling a Type I-E CRISPR-Cas Nuclease with a Bacteriophage-Encoded Anti-CRISPR Protein. Authors: Pawluk, A. / Shah, M. / Mejdani, M. / Calmettes, C. / Moraes, T.F. / Davidson, A.R. / Maxwell, K.L. #1: Journal: To Be Published Title: Structure and function of a type I-E anti-CRISPR protein Authors: Pawluk, A. / Shah, M. / Calmettes, C. / Mejdani, M. / Moraes, T.F. / Davidson, A.R. / Maxwell, K.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6arz.cif.gz | 126.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6arz.ent.gz | 105.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6arz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/6arz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/6arz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 12457.624 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: AcrE1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Phage / Source: (gene. exp.) Pseudomonas phage JBD5 (virus) / Gene: JBD5_034 / Plasmid: pET26 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: L7P7L6 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PG4 / | #4: Chemical | ChemComp-BR / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.1 Details: 0.1M sodium cacodylate pH 6.1, 23% PEG 3350, 0.5M sodium bromide, and 7% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 105 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.919 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Jul 13, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.919 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→48.177 Å / Num. obs: 24655 / % possible obs: 99.94 % / Redundancy: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 45.82 Å2 / Net I/σ(I): 24.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.5→48.177 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 23.43
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 275.51 Å2 / Biso mean: 58.8522 Å2 / Biso min: 24.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→48.177 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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