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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ak3 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the human prostaglandin E receptor EP3 bound to prostaglandin E2 | |||||||||
要素 | Prostaglandin E2 receptor EP3 subtype,Soluble cytochrome b562 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / lipid (脂質) / signaling protein / prostanoid receptor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of gastric acid secretion / intestine smooth muscle contraction / prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / 細胞死 / positive regulation of fever generation / 電子伝達系 / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 核膜 / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway ...negative regulation of gastric acid secretion / intestine smooth muscle contraction / prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / 細胞死 / positive regulation of fever generation / 電子伝達系 / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 核膜 / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / electron transfer activity / ペリプラズム / 炎症 / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / heme binding / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Morimoto, K. / Suno, R. / Iwata, S. / Kobayashi, T. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2019 タイトル: Crystal structure of the endogenous agonist-bound prostanoid receptor EP3. 著者: Morimoto, K. / Suno, R. / Hotta, Y. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Yamamoto, M. / Narumiya, S. / Iwata, S. / Kobayashi, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ak3.cif.gz | 232.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ak3.ent.gz | 184.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ak3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/6ak3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/6ak3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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実験データセット #1 | データ参照: 10.11577/1482880 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46044.707 Da / 分子数: 2 変異: A173I,V185S,N217Q,S258D,C289L,N308Q,M1007W,R1098I,H1102I 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: PTGER3, cybC 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P43115, UniProt: P0ABE7 #2: 化合物 | #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: buffer A (0.1 M MES-NaOH (pH 6.0), 35 % PEG300, 400 mM Na2SO4, 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.2 mM ONO-AE3-240), buffer B (0.1 M MES-NaOH (pH 5.5-6.0), 30-40 % PEG300, 100 mM NaCl, 100 mM Li2SO4, ...詳細: buffer A (0.1 M MES-NaOH (pH 6.0), 35 % PEG300, 400 mM Na2SO4, 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.2 mM ONO-AE3-240), buffer B (0.1 M MES-NaOH (pH 5.5-6.0), 30-40 % PEG300, 100 mM NaCl, 100 mM Li2SO4, 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.2 mM ONO-AE3-240), buffer C (0.1 M MES-NaOH (pH 6.1) or 0.1 M Tris-HCl (pH 7.5-8.0), 30 % PEG500MME, 200 mM (NH4)2SO4, 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.2 mM ONO-AE3-240), buffer D (0.1 M MES-NaOH (pH 5.8-6.1), 30 % PEG300, 100 mM MgSO4, 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.2 mM ONO-AE3-240), buffer E (0.1 M MES-NaOH (pH 5.5), 30 % PEG300, 100 mM K2SO4, 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.2 mM ONO-AE3-240) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 20206 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 43.4 % / Net I/σ(I): 1.15 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.9→48.377 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.59 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.377 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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