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- PDB-6ael: Crystal structure of ENPP1 in complex with 3'3'-cGAMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ael
タイトルCrystal structure of ENPP1 in complex with 3'3'-cGAMP
要素Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 1, isoform CRA_d
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT (免疫抑制剤) / Enzyme (酵素) / Phoshodiesterase / cGAMP / cGAS-STING / cyclic GMP-AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


articular cartilage development / microglial cell migration / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / response to platelet-derived growth factor / ligamentous ossification / response to vitamin B6 / cellular response to sodium phosphate / GTP diphosphatase activity / cyclic-GMP-AMP hydrolase activity / negative regulation of hh target transcription factor activity ...articular cartilage development / microglial cell migration / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / response to platelet-derived growth factor / ligamentous ossification / response to vitamin B6 / cellular response to sodium phosphate / GTP diphosphatase activity / cyclic-GMP-AMP hydrolase activity / negative regulation of hh target transcription factor activity / organic phosphonate metabolic process / inorganic diphosphate transport / post-embryonic forelimb morphogenesis / UTP diphosphatase activity / tooth mineralization / hematopoietic stem cell migration to bone marrow / leukocyte activation involved in inflammatory response / phosphodiesterase I / 骨化 / biomineral tissue development / dinucleotide phosphatase activity / sensory perception of temperature stimulus / coenzyme A diphosphatase activity / basal dendrite / coenzyme A catabolic process / vascular associated smooth muscle cell migration / nucleotide diphosphatase / pyrophosphatase activity / nucleoside triphosphate catabolic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / response to Gram-positive bacterium / magnesium ion homeostasis / diphosphate metabolic process / endochondral bone morphogenesis / vitamin D3 metabolic process / bone trabecula formation / cementum mineralization / negative regulation of protein autophosphorylation / central nervous system myelination / vascular associated smooth muscle cell proliferation / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / bone mineralization involved in bone maturation / intracellular phosphate ion homeostasis / mucus secretion / response to sodium phosphate / sequestering of triglyceride / ATP diphosphatase activity / negative regulation of glycogen biosynthetic process / sensory perception of mechanical stimulus / phosphate ion homeostasis / negative regulation of bone mineralization / melanocyte differentiation / plasma cell differentiation / B-1 B cell homeostasis / phosphodiesterase I activity / artery development / microglia differentiation / scavenger receptor activity / bone remodeling / collagen-activated signaling pathway / cellular homeostasis / apoptotic process involved in development / endochondral ossification / apical dendrite / : / negative regulation of glucose import / phosphoric diester hydrolase activity / regulation of bone mineralization / hormone metabolic process / inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of ossification / adult walking behavior / middle ear morphogenesis / phosphate-containing compound metabolic process / cartilage development / oligodendrocyte apoptotic process / aorta development / 歯の発生 / exonuclease activity / axon regeneration / fat pad development / skin development / smoothened signaling pathway / polysaccharide binding / hydrolase activity, acting on ester bonds / response to ATP / muscle cell cellular homeostasis / spinal cord development / negative regulation of fat cell differentiation / fat cell differentiation / bone mineralization / glucose import / defense response to protozoan / phosphatase activity / response to magnesium ion / response to dietary excess / macrophage differentiation / T cell differentiation / :
類似検索 - 分子機能
Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A ...Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4BW / Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 1 / Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kato, K. / Nishimasu, H. / Hirano, S. / Hirano, H. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural insights into cGAMP degradation by Ecto-nucleotide pyrophosphatase phosphodiesterase 1.
著者: Kato, K. / Nishimasu, H. / Oikawa, D. / Hirano, S. / Hirano, H. / Kasuya, G. / Ishitani, R. / Tokunaga, F. / Nureki, O.
履歴
登録2018年8月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 1, isoform CRA_d
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,62123
ポリマ－84,8161
非ポリマー2,80522
水6,413356
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area28570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.169, 94.063, 74.274
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 1, isoform CRA_d / Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1


分子量: 84816.156 Da / 分子数: 1 / 変異: T238A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Enpp1, mCG_9001 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G3X9S2, UniProt: P06802*PLUS

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糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 374分子

#4: 化合物 ChemComp-4BW / 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one / 3',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(3',5')pA(3',5')p] / cGAMP


分子量: 674.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O13P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細Protease recognition site

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.5, 0.2 M NaBr and 0.1 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47 Å / Num. obs: 57243 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.751 / Num. unique obs: 57214

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GTW

4gtw


解像度: 1.9→47 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 2894 5.06 %
Rwork0.1662 --
obs0.168 57214 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5820 0 167 356 6343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8718458
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9943682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053921
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051073
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.93120.31831320.25782549X-RAY DIFFRACTION100
1.9312-1.96450.32891350.23992606X-RAY DIFFRACTION100
1.9645-2.00020.27321410.22362565X-RAY DIFFRACTION100
2.0002-2.03870.24491370.21072580X-RAY DIFFRACTION100
2.0387-2.08030.23121500.19912525X-RAY DIFFRACTION100
2.0803-2.12550.22271290.19812641X-RAY DIFFRACTION100
2.1255-2.1750.24141430.18752547X-RAY DIFFRACTION100
2.175-2.22930.20651100.17482594X-RAY DIFFRACTION100
2.2293-2.28960.23521340.18022577X-RAY DIFFRACTION100
2.2896-2.3570.22011440.17482582X-RAY DIFFRACTION100
2.357-2.43310.2111350.16932578X-RAY DIFFRACTION100
2.4331-2.520.19321350.16722599X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.62090.20011370.16582564X-RAY DIFFRACTION100
2.6209-2.74020.20651430.16562590X-RAY DIFFRACTION100
2.7402-2.88460.22231320.16862589X-RAY DIFFRACTION100
2.8846-3.06530.21091360.16542585X-RAY DIFFRACTION100
3.0653-3.3020.19851450.16022600X-RAY DIFFRACTION100
3.302-3.63410.17481380.15592601X-RAY DIFFRACTION100
3.6341-4.15970.1741520.14212593X-RAY DIFFRACTION100
4.1597-5.23970.16991430.13842601X-RAY DIFFRACTION100
5.2397-47.04590.18661430.16052654X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9660.17610.16532.7042-0.11271.708-0.06710.10660.0949-0.52030.1412-0.2521-0.1640.1033-0.05930.2604-0.05360.06540.1749-0.01980.143511.42824.3622-5.8461
21.5975-0.3578-0.22652.60630.54751.2569-0.1592-0.3262-0.07860.71670.2935-0.59680.29350.1952-0.07050.39360.1154-0.16750.2803-0.02650.272221.7994-6.772127.4805
30.7556-0.45020.06673.40170.24940.9045-0.0974-0.11870.09680.25830.147-0.2955-0.0544-0.0021-0.04430.15150.0153-0.01260.1764-0.02640.125113.15958.563416.2439
41.44260.11850.32482.1562-0.04171.4219-0.15130.4102-0.0832-0.77280.27390.0596-0.123-0.01550.0060.5208-0.11230.02750.2941-0.02220.12955.4083-6.9045-16.0927
51.07580.35490.03082.1194-0.73732.7393-0.29980.32770.2095-0.91050.32440.1086-0.21680.1633-0.04390.6942-0.144-0.03850.29740.02340.21424.38616.6633-20.5785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 734 through 903 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 170 through 415 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 416 through 576 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 577 through 664 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 665 through 733 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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