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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6adb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the E148N mutant CLC-ec1 in 20mM bromide | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / CLC Cl-/H+ antiporter / intermediate structure / external glutamate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloride:proton antiporter activity / cellular stress response to acidic pH / voltage-gated chloride channel activity / chloride transmembrane transport / proton transmembrane transport / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.692 Å | ||||||
データ登録者 | Lim, H.-H. / Park, K. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019 タイトル: Mutation of external glutamate residue reveals a new intermediate transport state and anion binding site in a CLC Cl-/H+antiporter. 著者: Park, K. / Lee, B.C. / Lim, H.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6adb.cif.gz | 335.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6adb.ent.gz | 270.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6adb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/6adb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/6adb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50375.391 Da / 分子数: 2 / 変異: E148N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: clcA, eriC, yadQ, b0155, JW5012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37019 #2: 抗体 | 分子量: 23823.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma Cell line #3: 抗体 | 分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma Cell line #4: 化合物 | ChemComp-BR / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.83 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG400 22%(w/v), 100mM tris-SO4, 20mM Na/K tartrate, 20mM NaBr |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.919 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.692→49.6 Å / Num. obs: 153235 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 76.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 34.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 15117 / % possible all: 98.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ENE 解像度: 2.692→33.961 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 34.42
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 188.65 Å2 / Biso mean: 88.7206 Å2 / Biso min: 44.89 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.692→33.961 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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