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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6a9e | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the N-terminal domain of Atg2 | ||||||
要素 | Endolysin,Autophagy-related protein 2 | ||||||
キーワード | LIPID TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / lipid transfer activity / intermembrane lipid transfer / autophagy of mitochondrion / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phagophore assembly site / reticulophagy / extrinsic component of membrane ...: / lipid transfer activity / intermembrane lipid transfer / autophagy of mitochondrion / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phagophore assembly site / reticulophagy / extrinsic component of membrane / sporulation resulting in formation of a cellular spore / autophagosome assembly / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / meiotic cell cycle / オートファジー / オートファジー / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage RB59 (ファージ) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.205 Å | ||||||
データ登録者 | Osawa, T. / Noda, N.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2019 タイトル: Atg2 mediates direct lipid transfer between membranes for autophagosome formation. 著者: Osawa, T. / Kotani, T. / Kawaoka, T. / Hirata, E. / Suzuki, K. / Nakatogawa, H. / Ohsumi, Y. / Noda, N.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6a9e.cif.gz | 135.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6a9e.ent.gz | 109.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6a9e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/6a9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/6a9e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44090.461 Da / 分子数: 2 / 変異: D20N, C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The deleted regions in our structure were due to electron density disorder. 由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB59 (ファージ), (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 遺伝子: e, RB59_126, atg2, mug36, SPBC31E1.01c, SPBC660.18c 株: 972 / ATCC 24843 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A097J809, UniProt: O94649, UniProt: P00720*PLUS, リゾチーム |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 % 解説: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns and I_Plus/Minus columns |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG400, ammonium sulfate, Bis-Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.9692 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9692 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 29622 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.579 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.205→44.103 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.65 / 位相誤差: 26.34 詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns and I_Plus/Minus columns
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.205→44.103 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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