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- PDB-6a73: Complex structure of CSN2 with IP6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a73
タイトルComplex structure of CSN2 with IP6
要素COP9 signalosome complex subunit 2,Endolysin
キーワードSIGNALING PROTEIN / subunit2 of COP9 Signalosome (CSN).
機能・相同性
機能・相同性情報


trophectodermal cell proliferation / regulation of protein neddylation / protein deneddylation / COP9 signalosome / protein neddylation / RHOBTB1 GTPase cycle / inner cell mass cell proliferation / skeletal muscle cell differentiation / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process ...trophectodermal cell proliferation / regulation of protein neddylation / protein deneddylation / COP9 signalosome / protein neddylation / RHOBTB1 GTPase cycle / inner cell mass cell proliferation / skeletal muscle cell differentiation / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / DNA Damage Recognition in GG-NER / neuron differentiation / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / transcription corepressor activity / cell wall macromolecule catabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / リゾチーム / lysozyme activity / Neddylation / host cell cytoplasm / transcription by RNA polymerase II / defense response to bacterium / protein phosphorylation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PCI/PINT associated module / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme ...PCI/PINT associated module / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Lysozyme-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
フィチン酸 / Endolysin / COP9 signalosome complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage RB59 (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.447 Å
データ登録者Liu, L. / Li, D. / Rao, F. / Wang, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2018YFA0507103 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Basis for metabolite-dependent Cullin-RING ligase deneddylation by the COP9 signalosome.
著者: Lin, H. / Zhang, X. / Liu, L. / Fu, Q. / Zang, C. / Ding, Y. / Su, Y. / Xu, Z. / He, S. / Yang, X. / Wei, X. / Mao, H. / Cui, Y. / Wei, Y. / Zhou, C. / Du, L. / Huang, N. / Zheng, N. / Wang, T. / Rao, F.
履歴
登録2018年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42020年10月14日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COP9 signalosome complex subunit 2,Endolysin
B: COP9 signalosome complex subunit 2,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1436
ポリマ－70,6312
非ポリマー1,5124
水3,081171
1
A: COP9 signalosome complex subunit 2,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0713
ポリマ－35,3151
非ポリマー7562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15860 Å2
手法PISA
2
B: COP9 signalosome complex subunit 2,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0713
ポリマ－35,3151
非ポリマー7562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area570 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area15860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.804, 70.164, 81.350
Angle α, β, γ (deg.)107.03, 103.94, 90.25
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 2,Endolysin / / Signalosome subunit 2 / Alien homolog / JAB1-containing signalosome subunit 2 / Thyroid receptor- ...Signalosome subunit 2 / Alien homolog / JAB1-containing signalosome subunit 2 / Thyroid receptor-interacting protein 15 / TRIP-15 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 35315.383 Da / 分子数: 2 / 変異: C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: human CSN2 hybrid with lysozyme,human CSN2 hybrid with lysozyme,human CSN2 hybrid with lysozyme,human CSN2 hybrid with lysozyme
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage RB59 (ファージ)
遺伝子: COPS2, CSN2, TRIP15, e, RB59_126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P61201, UniProt: A0A097J809, リゾチーム
#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸 / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate ,100mM Bis-Tris pH 5.5, 25%PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.447→20.003 Å / Num. obs: 27516 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.189 / Num. unique obs: 1305 / % possible all: 87.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1L17 and 4ZWJ

1l17

4zwj


解像度: 2.447→20.003 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.82 / 位相誤差: 34.29
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2879 1379 5.01 %Random Selection
Rwork0.2473 ---
obs0.2503 27504 91.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.447→20.003 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4720 0 82 171 4973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054881
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9256588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1252946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046720
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005820
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4471-2.53440.42541120.30542059X-RAY DIFFRACTION72
2.5344-2.63570.31861340.27592435X-RAY DIFFRACTION86
2.6357-2.75540.3431380.28592566X-RAY DIFFRACTION90
2.7554-2.90020.35951410.30212626X-RAY DIFFRACTION92
2.9002-3.08130.38621350.30362677X-RAY DIFFRACTION94
3.0813-3.31820.30111430.26542734X-RAY DIFFRACTION96
3.3182-3.65030.30461390.24042749X-RAY DIFFRACTION96
3.6503-4.17440.3041430.21932715X-RAY DIFFRACTION97
4.1744-5.24350.27261490.21372772X-RAY DIFFRACTION97
5.2435-20.00380.25771450.22862792X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.3689 Å / Origin y: 7.5026 Å / Origin z: -57.8356 Å
111213212223313233
T0.2327 Å20.0054 Å20 Å2-0.2848 Å20.0012 Å2--0.4472 Å2
L0.5641 °20.0318 °2-0.0254 °2--0.3198 °2-1.1332 °2--4.6581 °2
S-0.1767 Å °0.0081 Å °-0.0041 Å °-0.0046 Å °-0.2214 Å °-0.2043 Å °0.0212 Å °0.5886 Å °0.2621 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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