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万見
- PDB-5ztk: Synchrotron structure of light-driven chloride pump having an NTQ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ztk
タイトルSynchrotron structure of light-driven chloride pump having an NTQ motif
要素Chloride pumping rhodopsin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Chloride pump
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
オレイン酸 / レチナール / Chloride pumping rhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Nonlabens marinus S1-08 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Yun, J.H. / Park, J.H. / Park, S.Y. / Lee, W.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)NRF-2017R1A2B2008483 韓国
National Research Foundation (Korea)NRF-2016R1A6A3A04010213 韓国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Non-cryogenic structure of a chloride pump provides crucial clues to temperature-dependent channel transport efficiency
著者: Yun, J.H. / Li, X. / Park, J.H. / Wang, Y. / Ohki, M. / Jin, Z. / Lee, W. / Park, S.Y. / Hu, H. / Li, C. / Zatsepin, N. / Hunter, M.S. / Sierra, R.G. / Koralek, J. / Yoon, C.H. / Cho, H.S. / ...著者: Yun, J.H. / Li, X. / Park, J.H. / Wang, Y. / Ohki, M. / Jin, Z. / Lee, W. / Park, S.Y. / Hu, H. / Li, C. / Zatsepin, N. / Hunter, M.S. / Sierra, R.G. / Koralek, J. / Yoon, C.H. / Cho, H.S. / Weierstall, U. / Tang, L. / Liu, H. / Lee, W.
履歴
登録2018年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloride pumping rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,82211
ポリマ－30,4901
非ポリマー2,33310
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.756, 49.402, 69.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Chloride pumping rhodopsin


分子量: 30489.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nonlabens marinus S1-08 (バクテリア)
遺伝子: ClR, NMS_1267 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8VZW3
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#4: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸 / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 30% PEG 500 DME, 0.1M sodium chloride, 0.1M MES (pH 6.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→23.63 Å / Num. obs: 32667 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 20.92 Å2 / Net I/σ(I): 24.47
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G28

5g28


解像度: 1.75→23.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.098 / SU Rfree Blow DPI: 0.097 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.099
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1655 5.07 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 32667 98.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4461 Å20 Å2-1.1904 Å2
2---8.0235 Å20 Å2
3---6.5774 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→23.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2072 0 121 72 2265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012237HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.933013HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d778SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes36HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes323HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2237HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.19
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion287SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2803SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 164 5.58 %
Rwork0.178 2776 -
all0.181 2940 -
obs--97.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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