+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zst | |||||||||
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Title | NifS from Hydrogenimonas thermopile in a persulfurated form | |||||||||
Components | Cysteine desulfurase | |||||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Cysteine desulfurase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / iron-sulfur cluster binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Hydrogenimonas thermophila (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | |||||||||
Authors | Nakamura, R. / Fujishiro, T. / Takahashi, Y. | |||||||||
Funding support | Japan, 2items
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Citation | Journal: Febs J. / Year: 2020 Title: Snapshots of PLP-substrate and PLP-product external aldimines as intermediates in two types of cysteine desulfurase enzymes. Authors: Nakamura, R. / Hikita, M. / Ogawa, S. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5zst.cif.gz | 317.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5zst.ent.gz | 255.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5zst.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/5zst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/5zst | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5wt2C 5wt4C 5zs9C 5zskC 5zsoC 5zspC 6kfzC 6kg0C 6kg1C 1eg5S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1
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-Components
#1: Protein | Mass: 46321.098 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Hydrogenimonas thermophila (bacteria) / Gene: SAMN05216234_11013 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A1I5NEH3 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.11 Å3/Da / Density % sol: 60.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, 20% (w/v) PEG 8000, 5mM L-Cysteine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NW12A / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Dec 24, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Numerical link type double crystal Si(111) monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.1→45.61 Å / Num. obs: 37536 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.799 % / Biso Wilson estimate: 55.89 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rrim(I) all: 0.204 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 11.49 / Num. measured all: 217677 / Scaling rejects: 30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1EG5 Resolution: 3.1→45.61 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.09 / Stereochemistry target values: ML Details: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 125.77 Å2 / Biso mean: 59.2349 Å2 / Biso min: 16.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.1→45.61 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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