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万見
- PDB-5zr0: Solution structure of peptidyl-prolyl cis/trans isomerase domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zr0
タイトルSolution structure of peptidyl-prolyl cis/trans isomerase domain of Trigger Factor in complex with MBP
要素Maltose-binding periplasmic protein,Trigger factor
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / Molecular Chaperone (シャペロン) / Peptidyl-prolyl isomerases
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein transport / フォールディング / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / 細胞周期 / 細胞分裂 / DNA damage response / 生体膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. ...Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Trigger factor / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Kawagoe, S. / Nakagawa, H. / Kumeta, H. / Ishimori, K. / Saio, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyPRESTO 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceKAKENHI (17H05657) 日本
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural insight into prolinecis/transisomerization of unfolded proteins catalyzed by the trigger factor chaperone.
著者: Kawagoe, S. / Nakagawa, H. / Kumeta, H. / Ishimori, K. / Saio, T.
履歴
登録2018年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein,Trigger factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1351
ポリマ－15,1351
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8980 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein,Trigger factor / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / TF / PPIase


分子量: 15134.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, tig, BWG_0318 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: C4ZTJ3, プロリルイソメラーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic23D HNCA
151isotropic23D HN(CA)CB
161isotropic23D HNCO
171isotropic23D HN(CO)CA
181isotropic23D CBCA(CO)NH
191isotropic23D HNCAHA
1101isotropic23D HBHA(CO)NH
1111isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1121isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1131isotropic22D (HB)CB(CGCD)HD
1141isotropic22D (HB)CB(CGCDCE)HE
1151isotropic13D 1H-15N NOESY
1161isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1171isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] MBP238-266-PPD fusion, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C15N MBP-PPD / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: MBP238-266-PPD fusion / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: condition-1 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY8001
Varian UNITYVarianUNITY6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
OliviaMasashi Yokochiデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
OliviaMasashi Yokochichemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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