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- PDB-5zng: The crystal complex of immune receptor RGA5A_S of Pia from rice (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zng
タイトルThe crystal complex of immune receptor RGA5A_S of Pia from rice (Oryzae sativa) with rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR1-CO39
要素
  • AVR1-CO39
  • NBS-LRR type protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / RGA5A_S / resistance protein / rice AVR1-CO39 / effector protein / Magnaporthe oryzae
機能・相同性
機能・相同性情報


plant-type hypersensitive response / innate immune response-activating signaling pathway / ADP binding / defense response to bacterium / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / Leucine-rich repeat domain superfamily ...Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Disease resistance protein RGA5 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
Magnaporthe grisea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.189 Å
データ登録者Guo, L.W. / Zhang, Y.K. / Liu, Q. / Ma, M.Q. / Liu, J.F. / Peng, Y.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China315711057 中国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Specific recognition of two MAX effectors by integrated HMA domains in plant immune receptors involves distinct binding surfaces
著者: Guo, L. / Cesari, S. / de Guillen, K. / Chalvon, V. / Mammri, L. / Ma, M. / Meusnier, I. / Bonnot, F. / Padilla, A. / Peng, Y.L. / Liu, J. / Kroj, T.
履歴
登録2018年4月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年7月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NBS-LRR type protein
C: AVR1-CO39


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0042
ポリマ－24,0042
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.721, 66.721, 108.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 NBS-LRR type protein


分子量: 14895.397 Da / 分子数: 1 / 断片: S domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs.
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: Os11gRGA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F7J0N2
#2: タンパク質 AVR1-CO39


分子量: 9108.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Magnaporthe grisea (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8J180
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.11 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.1 M ammonium tartrate dibasic 0.1 M sodium acetate-HCl, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.108→39.47 Å / Num. obs: 215689 / % possible obs: 1 % / 冗長度: 13.1 % / Net I/σ(I): 10.11
反射 シェル解像度: 2.189→2.268 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2MYV

2myv


解像度: 2.189→28.405 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.57 / 位相誤差: 20.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1966 1262 4.7 %
Rwork0.1619 --
obs0.1635 26844 96.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.189→28.405 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1086 0 0 37 1123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8861490
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.265676
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066177
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005190
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1895-2.27710.2787820.26612417X-RAY DIFFRACTION81
2.2771-2.38070.26321630.22292675X-RAY DIFFRACTION91
2.3807-2.50610.25391580.22092847X-RAY DIFFRACTION98
2.5061-2.6630.29141340.2162973X-RAY DIFFRACTION100
2.663-2.86850.25361770.2072902X-RAY DIFFRACTION100
2.8685-3.15680.23291360.19062951X-RAY DIFFRACTION100
3.1568-3.61280.20621270.16882958X-RAY DIFFRACTION100
3.6128-4.54880.17541690.13212922X-RAY DIFFRACTION100
4.5488-28.40740.13361160.13072937X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4768-1.9491-1.61915.04323.34232.6436-0.6683-3.5838-0.80991.04491.1526-1.95231.1274-0.176-1.54350.80010.23090.06861.36630.35071.0526-10.918720.5728-14.6554
24.2429-1.45344.19567.7581-1.26587.6491-0.0298-1.46580.3199-0.236-0.1405-0.0405-0.1111-0.98150.1340.2929-0.06940.02750.7634-0.04590.4583-22.477329.4918-26.5139
38.5286-4.58853.11443.8146-3.04262.4834-0.1245-0.3444-0.0944-0.290.38740.70010.2306-0.7049-0.17780.3223-0.0209-0.03210.62850.02650.5569-31.089824.846-26.9763
45.9415-0.2918-0.72527.729-3.01438.7148-0.2781-0.6714-0.04850.42970.10790.0509-0.17720.48860.34090.26710.0410.04440.764-0.06460.425-24.771726.4537-19.0506
56.5499-2.07531.75043.2726-0.51435.6698-0.1723-0.8060.5750.02930.0178-0.0735-0.31670.61940.38010.3670.02050.02810.6384-0.05540.4831-22.082230.3241-23.4997
65.1781-2.51124.55326.3651-2.38633.97080.3102-0.3337-0.5962-0.8702-0.0072-0.2541.17330.1836-0.09120.50360.00030.0550.60430.0110.4926-21.188419.5114-29.7016
79.42133.77285.75879.66552.59593.7526-0.0061-1.26360.1091-0.1805-0.1012-0.1972-0.29660.4505-0.03340.2489-0.07190.01980.8423-0.0690.5228-15.584129.4454-25.4719
85.85981.0224-1.05712.8684-2.07017.6944-0.12970.50530.1196-0.259-0.11860.2220.01110.01420.14330.33240.00310.03970.7706-0.04730.4877-33.261127.4726-17.0053
95.6154-0.7711.38012.1265-1.55776.856-0.0082-0.21120.15620.6268-0.4786-1.1423-0.27470.57370.48230.30140.03850.00220.64840.0180.5511-32.254426.626-5.9338
105.5752-0.8923-1.16348.6848-0.20354.4434-0.33260.236-0.051-0.00790.18850.3077-0.0169-0.24110.14350.26280.06220.01220.6768-0.06570.4478-39.889428.0274-10.363
112.24431.02060.64120.49380.20020.48380.55612.1131-1.1773-1.04911.2274-1.26092.37880.2907-2.10921.1220.04110.15681.0454-0.37470.9554-35.171112.2692-18.8675
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 991 through 996 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 997 through 1008 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1009 through 1021 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1022 through 1031 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1032 through 1046 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1047 through 1058 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1059 through 1069 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 22 through 42 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 43 through 57 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 58 through 78 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 79 through 83 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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