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- PDB-5zlf: CRYSTAL STRUCTURE OF OCTAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE FROM ESCHE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zlf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF OCTAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE FROM ESCHERICHIA COLI WITH ligand BPH-629
要素Octaprenyl diphosphate synthase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / PRENYLTRANSFERASE (プレニル基転移酵素) / SITE-DIRECTED MUTAGENESIS / PRODUCT CHAIN LENGTH / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


All-trans-オクタプレニル二リン酸シンターゼ / octaprenyl pyrophosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / ubiquinone biosynthetic process / prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B29 / Octaprenyl diphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.845 Å
データ登録者Han, X. / Liu, W.D. / Zheng, Y.Y. / Ko, T.P. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of Lipophilic Bisphosphonates That Target Bacterial Cell Wall and Quinone Biosynthesis.
著者: Malwal, S.R. / Chen, L. / Hicks, H. / Qu, F. / Liu, W. / Shillo, A. / Law, W.X. / Zhang, J. / Chandnani, N. / Han, X. / Zheng, Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T. / AbdelKhalek, A. / Seleem, M.N. / Oldfield, E.
履歴
登録2018年3月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Octaprenyl diphosphate synthase
B: Octaprenyl diphosphate synthase
C: Octaprenyl diphosphate synthase
D: Octaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,4967
ポリマ－141,0004
非ポリマー4973
水1086
1
A: Octaprenyl diphosphate synthase
B: Octaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9724
ポリマ－70,5002
非ポリマー4732
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area25510 Å2
手法PISA
2
C: Octaprenyl diphosphate synthase
D: Octaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5243
ポリマ－70,5002
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area26140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.344, 46.645, 215.741
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.080, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 86 or resid 103...
21(chain B and (resid 2 through 153 or resid 164 through 320))
31(chain C and (resid 2 through 86 or resid 103...
41(chain D and (resid 2 through 86 or resid 103...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 2 through 86 or resid 103...A2 - 86
121(chain A and (resid 2 through 86 or resid 103...A103 - 153
131(chain A and (resid 2 through 86 or resid 103...A164 - 214
141(chain A and (resid 2 through 86 or resid 103...A231 - 241
151(chain A and (resid 2 through 86 or resid 103...A265 - 278
161(chain A and (resid 2 through 86 or resid 103...A282 - 320
211(chain B and (resid 2 through 153 or resid 164 through 320))B2 - 153
221(chain B and (resid 2 through 153 or resid 164 through 320))B164 - 320
311(chain C and (resid 2 through 86 or resid 103...C2 - 86
321(chain C and (resid 2 through 86 or resid 103...C103 - 153
331(chain C and (resid 2 through 86 or resid 103...C164 - 214
341(chain C and (resid 2 through 86 or resid 103...C231 - 241
351(chain C and (resid 2 through 86 or resid 103...C265 - 278
361(chain C and (resid 2 through 86 or resid 103...C282 - 320
411(chain D and (resid 2 through 86 or resid 103...D2 - 86
421(chain D and (resid 2 through 86 or resid 103...D103 - 153
431(chain D and (resid 2 through 86 or resid 103...D2 - 320
441(chain D and (resid 2 through 86 or resid 103...D231 - 241
451(chain D and (resid 2 through 86 or resid 103...D265 - 320

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要素

#1: タンパク質
Octaprenyl diphosphate synthase / All-trans-octaprenyl-diphosphate synthase / Octaprenyl pyrophosphate synthase / OPP synthase


分子量: 35249.879 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: ispB, cel, yhbD, b3187, JW3154 / プラスミド: pET46Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21trxB(DE3)
参照: UniProt: P0AD57, All-trans-オクタプレニル二リン酸シンターゼ
#2: 化合物 ChemComp-B29 / [2-(3-DIBENZOFURAN-4-YL-PHENYL)-1-HYDROXY-1-PHOSPHONO-ETHYL]-PHOSPHONIC ACID / [2-(3-DIBENZO[B,D]FURAN-4-YLPHENYL)-1-HYDROXYETHANE-1,1-DIYL]BIS(PHOSPHONIC ACID)


分子量: 448.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18O8P2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 % / Mosaicity: 0.574 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.3M MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE, 0.1M TRIS-HCL, 24%(W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月26日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→25 Å / Num. obs: 34599 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.967 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 150953
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.85-2.954.40.58234270.8020.3190.6661.087100
2.95-3.074.40.40734200.8840.2230.4651.018100
3.07-3.214.40.31534280.9220.1710.361.029100
3.21-3.384.40.23734460.9580.1280.271.07100
3.38-3.594.40.15334340.9810.0820.1740.988100
3.59-3.874.40.09934430.9920.0530.1130.871100
3.87-4.254.40.06734540.9960.0350.0750.82100
4.25-4.864.40.07234620.9940.0370.0821.13699.9
4.86-6.114.30.05634770.9980.0290.0630.861100
6.11-254.10.03736080.9980.0210.0430.78499.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WJK

3wjk


解像度: 2.845→24.871 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2986 1730 5 %
Rwork0.2407 --
obs0.2435 34589 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 355.73 Å2 / Biso mean: 103.517 Å2 / Biso min: 28.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.845→24.871 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8626 0 32 6 8664
Biso mean--120.28 53.92 -
残基数----1127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098974
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.59212164
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1221425
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081586
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2035407
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4446X-RAY DIFFRACTION20.385TORSIONAL
12B4446X-RAY DIFFRACTION20.385TORSIONAL
13C4446X-RAY DIFFRACTION20.385TORSIONAL
14D4446X-RAY DIFFRACTION20.385TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8446-2.92820.36661250.32452375250086
2.9282-3.02260.31431430.307227182861100
3.0226-3.13040.33981460.285127802926100
3.1304-3.25550.38291430.292727162859100
3.2555-3.40330.36641460.288627702916100
3.4033-3.58220.33581440.262127342878100
3.5822-3.80590.25761440.237427382882100
3.8059-4.09860.2971460.23227722918100
4.0986-4.50890.27121460.206227652911100
4.5089-5.15620.2641480.217728092957100
5.1562-6.47730.31771470.25727972944100
6.4773-24.87240.28281520.21922885303799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.77070.2158-0.50990.5179-0.04342.90940.0660.55530.2788-0.1549-0.0616-0.1933-0.4188-0.8989-0.06730.83090.05760.0040.80290.06580.428156.71762.227128.1313
21.2612-0.0512-0.85171.84630.30741.7243-0.0921-0.1362-0.13290.559-0.0874-0.3830.49060.19550.00050.5824-0.0303-0.02010.48880.13420.613487.3467-13.105230.3392
32.70.7086-0.08442.6123-0.80163.50630.0877-0.22960.06530.0641-0.1766-0.2796-0.27590.52920.00130.3521-0.0773-0.01690.3571-0.01380.426868.44044.18278.264
43.2912-0.4777-0.44672.19340.44633.0738-0.17980.0617-0.3227-0.0224-0.00110.02581.1596-1.1838-0.27690.555-0.4402-0.00710.7276-0.01550.436536.5519-10.362577.1352
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 2 through 319)A2 - 319
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 320)B1 - 320
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 320)C1 - 320
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 2 through 320)D2 - 320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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