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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zk9 | ||||||
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タイトル | Stapled-peptides tailored against initiation of translation | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Cap dependent Translation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4G binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / chromatoid body / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / : / Deadenylation of mRNA ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4G binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / chromatoid body / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / : / Deadenylation of mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RISC complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / stem cell population maintenance / mTORC1-mediated signalling / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / negative regulation of neuron differentiation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / behavioral fear response / mRNA export from nucleus / translational initiation / translation initiation factor activity / cellular response to dexamethasone stimulus / positive regulation of mitotic cell cycle / P-body / G1/S transition of mitotic cell cycle / neuron differentiation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / ISG15 antiviral mechanism / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / postsynapse / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of translation / nuclear speck / glutamatergic synapse / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / RNA binding / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Lama, D. / Liberator, A. / Frosi, Y. / Nakhle, J. / Tsomia, N. / Bashir, T. / Lane, D.P. / Brown, C.J. / Verma, C.S. / Auvin, S. ...Lama, D. / Liberator, A. / Frosi, Y. / Nakhle, J. / Tsomia, N. / Bashir, T. / Lane, D.P. / Brown, C.J. / Verma, C.S. / Auvin, S. / Ciesielski, F. / Uhring, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2019 タイトル: Structural insights reveal a recognition feature for tailoring hydrocarbon stapled-peptides against the eukaryotic translation initiation factor 4E protein. 著者: Lama, D. / Liberatore, A.M. / Frosi, Y. / Nakhle, J. / Tsomaia, N. / Bashir, T. / Lane, D.P. / Brown, C.J. / Verma, C.S. / Auvin, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zk9.cif.gz | 64.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5zk9.ent.gz | 44.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zk9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/5zk9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/5zk9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 22290.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4E, EIF4EL1, EIF4F / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06730 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1684.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: The acetylation (ACE) and amidation (NH2) are included in the SEQRES. 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-非ポリマー , 4種, 170分子
#3: 化合物 | ChemComp-MGP / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT THE CHAIN B IS A HYBRID SEQUENCE WHICH IS BASED ON THE EIF4E INTERACTION ...AUTHORS STATE THAT THE CHAIN B IS A HYBRID SEQUENCE WHICH IS BASED ON THE EIF4E INTERACTIO |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.69 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12.5% pEG1000 w/v, 12.5% PEG3350 w/v, 12.5% MPD w/v, 0.1M MES/imidazole pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.983994 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.983994 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 22709 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.8 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 15.33 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Num. measured obs: 11964 / Num. unique obs: 3574 / Rsym value: 0.441 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4TPW 解像度: 1.76→45.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.399 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.414 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.76→45.65 Å
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拘束条件 |
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