+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zis | |||||||||
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Title | Crystal structure of Mn-ProtoporphyrinIX-reconstituted P450BM3 | |||||||||
Components | Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 | |||||||||
Function / homology | Function and homology information NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / metabolic process / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding ...NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / metabolic process / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Bacillus megaterium (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | |||||||||
Authors | Omura, K. / Aiba, Y. / Onoda, H. / Sugimoto, H. / Shoji, O. / Watanabe, Y. | |||||||||
Funding support | Japan, 2items
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Citation | Journal: Chem. Commun. (Camb.) / Year: 2018 Title: Reconstitution of full-length P450BM3 with an artificial metal complex by utilising the transpeptidase Sortase A. Authors: Omura, K. / Aiba, Y. / Onoda, H. / Stanfield, J.K. / Ariyasu, S. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Shoji, O. / Watanabe, Y. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5zis.cif.gz | 738.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5zis.ent.gz | 624.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5zis.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/5zis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/5zis | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5zlhC 1fagS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 52169.461 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus megaterium (strain ATCC 14581 / DSM 32 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / VKM B-512) (bacteria) Strain: ATCC 14581 / DSM 32 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / VKM B-512 Gene: cyp102A1, cyp102, BG04_163 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase #2: Chemical | ChemComp-MNH / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 0.1 M magnesium chloride, 12% PEG 3350, 0.1 M MES buffer (pH 6.0) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL26B2 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225-HS / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2016 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.1→46.83 Å / Num. obs: 30923 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 88.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 225247 / Scaling rejects: 47 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1FAG Resolution: 3.1→19.929 Å / SU ML: 0.58 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 34.18
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 240.56 Å2 / Biso mean: 100.2412 Å2 / Biso min: 39.32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.1→19.929 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 99 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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