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万見
- PDB-5zim: Crystal structure of bacteriorhodopsin at 1.25 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zim
タイトルCrystal structure of bacteriorhodopsin at 1.25 A resolution
要素Bacteriorhodopsinバクテリオロドプシン
キーワードPROTON TRANSPORT (プロトンポンプ) / proton pump (プロトンポンプ) / membrane protein (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / レチナール / バクテリオロドプシン
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Hasegawa, N. / Jonotsuka, H. / Miki, K. / Takeda, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSPS25440020, 17H03643 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: X-ray structure analysis of bacteriorhodopsin at 1.3 angstrom resolution.
著者: Hasegawa, N. / Jonotsuka, H. / Miki, K. / Takeda, K.
履歴
登録2018年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年5月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.occupancy / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _cell.angle_alpha_esd / _cell.angle_beta_esd / _cell.angle_gamma_esd / _cell.length_a_esd / _cell.length_b_esd / _cell.length_c_esd / _entity.formula_weight / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8886
ポリマ－24,9911
非ポリマー2,8975
水52229
1
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,66318
ポリマ－74,9723
非ポリマー8,69115
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_635-y+1,x-y-2,z1
crystal symmetry operation3_865-x+y+3,-x+1,z1
Buried area20370 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area25050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.600, 60.600, 110.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin / バクテリオロドプシン / BR / Bacterioopsin / BO


分子量: 24990.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halobacterium salinarum (好塩性) / 株: ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1 / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物
ChemComp-L2P / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / 1,2-DI-1-(3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECANE)-SN-GLYCEROL / 1-O,2-O-ビス[(3R,7R,11R)-3,7,11,15-テトラメチルヘキサデシル]-D-グリセロ-ル


分子量: 653.157 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H88O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: MO, 2.0-2.5 M phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.436
反射解像度: 1.25→47 Å / Num. obs: 63455 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 33.517 % / Biso Wilson estimate: 21.706 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.988 / Net I/σ(I): 21.63
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.25-1.2833.0553.0871.6646790.5023.135100
1.28-1.3232.1232.2762.2245540.6252.312100
1.32-1.3633.812.0052.6144240.6692.036100
1.36-1.432.7161.5373.3943040.7531.561100
1.4-1.4434.6611.2164.4442170.8351.234100
1.44-1.4934.5620.8866.0940200.9130.899100
1.49-1.5534.2290.6957.9839210.9550.705100
1.55-1.6132.4710.5410.0537420.9620.549100
1.61-1.6934.090.40213.7836150.9760.408100
1.69-1.7732.9080.30917.234450.9860.314100
1.77-1.8635.2580.23622.3332680.9930.24100
1.86-1.9834.7940.17829.1931180.9950.18100
1.98-2.1134.0510.11638.8729050.9980.117100
2.11-2.2831.3850.09845.5627200.9980.1100
2.28-2.533.2780.07853.9625240.9990.08100
2.5-2.832.9040.06861.6522450.9990.069100
2.8-3.2334.4330.05969.8620120.9990.06100
3.23-3.9532.3560.05174.9816890.9990.052100
3.95-5.5932.2930.04778.7713190.9990.048100
5.59-4735.0050.04382.597340.9990.04399.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
SHELXL精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C3W

1c3w


解像度: 1.25→47 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1481 3172 5 %random
Rwork0.1253 ---
all0.1253 ---
obs-63455 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 81.98 Å2 / Biso mean: 25.5125 Å2 / Biso min: 12.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1762 0 186 29 1977

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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