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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zgg | ||||||
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タイトル | NMR structure of p75NTR transmembrane domain in complex with NSC49652 | ||||||
要素 | Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / transmembrane (膜貫通型タンパク質) / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NFG and proNGF binds to p75NTR / detection of temperature stimulus / dorsal aorta development / Ceramide signalling / death receptor activity / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of hair follicle development / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 ...NFG and proNGF binds to p75NTR / detection of temperature stimulus / dorsal aorta development / Ceramide signalling / death receptor activity / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of hair follicle development / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / neurotrophin binding / nerve development / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / nerve growth factor binding / NADE modulates death signalling / Regulated proteolysis of p75NTR / hair follicle morphogenesis / NRAGE signals death through JNK / intracellular glucose homeostasis / odontogenesis of dentin-containing tooth / Rho protein signal transduction / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / coreceptor activity / p75NTR recruits signalling complexes / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / negative regulation of cell migration / central nervous system development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / 軸索誘導 / intracellular protein transport / circadian regulation of gene expression / neuromuscular junction / small GTPase binding / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of protein localization to nucleus / cellular response to amyloid-beta / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / cell-cell junction / presynapse / glucose homeostasis / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / 成長円錐 / fibroblast proliferation / perikaryon / neuron apoptotic process / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / calmodulin binding / エンドソーム / ubiquitin protein ligase binding / 細胞膜 / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Lin, Z. / Ibanez, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018 タイトル: A Small Molecule Targeting the Transmembrane Domain of Death Receptor p75NTRInduces Melanoma Cell Death and Reduces Tumor Growth. 著者: Goh, E.T.H. / Lin, Z. / Ahn, B.Y. / Lopes-Rodrigues, V. / Dang, N.H. / Salim, S. / Berger, B. / Dymock, B. / Senger, D.L. / Ibanez, C.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zgg.cif.gz | 218.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5zgg.ent.gz | 188.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zgg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/5zgg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/5zgg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3715.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NGFR, TNFRSF16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SoluBL21 / 参照: UniProt: P08138 #2: 化合物 | ChemComp-9F6 / ( | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: micelle 内容: 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] p75NTR TMD, 3.9 mM 4809F6, 100 mM [U-98% 2H] DPC, 5 % [U-99.9% 2H] DMSO, 90% H2O/10% D2O Label: 13C15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 20 mM / Label: condtions_1 / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 313 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5 | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |