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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zd4 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 in complex with double-stranded DNA | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() plant ovule development / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Nosaki, S. / Miyakawa, T. / Xu, Y. / Nakamura, A. / Hirabayashi, K. / Tanokura, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for brassinosteroid response by BIL1/BZR1. 著者: Nosaki, S. / Miyakawa, T. / Xu, Y. / Nakamura, A. / Hirabayashi, K. / Asami, T. / Nakano, T. / Tanokura, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 749.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 614.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5iqzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49819.445 Da / 分子数: 4 / 変異: D108A,K109A,E198A,N199A,K265A,E385A,K388A,D389A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Chimera protein of residues 27-392 from Maltose-binding periplasmic protein (UNP P0AEY0), and residues 21-104 from Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1 (UNP Q8S307) 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, BZR1, BIS2, At1g75080, F9E10_7 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 4593.011 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose #4: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 50mM sodium cacodylate (pH 6.5), 200mM potassium chloride, 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.17→47.33 Å / Num. obs: 109100 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 21.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.17→2.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 5420 / CC1/2: 0.897 / Rpim(I) all: 0.32 / Rrim(I) all: 0.578 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5IQZ 解像度: 2.17→43.598 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.33 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.17→43.598 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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