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万見
- PDB-5zaz: Solution structure of integrin b2 monomer tranmembrane domain in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zaz
タイトルSolution structure of integrin b2 monomer tranmembrane domain in bicelle
要素Integrin beta-2
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / integrin b2 / protein-lipid interaction / phospholipids (リン脂質) / Ca2+
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alphaX-beta2 complex / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / complement component C3b binding / neutrophil migration / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / negative regulation of dopamine metabolic process ...integrin alphaX-beta2 complex / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / complement component C3b binding / neutrophil migration / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / negative regulation of dopamine metabolic process / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / phagocytosis, engulfment / leukocyte cell-cell adhesion / receptor clustering / amyloid-beta clearance / endodermal cell differentiation / plasma membrane raft / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of protein targeting to membrane / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / heat shock protein binding / cell adhesion molecule binding / receptor-mediated endocytosis / cell-matrix adhesion / 好中球 / positive regulation of superoxide anion generation / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / microglial cell activation / receptor internalization / 細胞接着 / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / extracellular vesicle / integrin binding / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / regulation of cell shape / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / receptor complex / 細胞接着 / 炎症 / external side of plasma membrane / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / 細胞膜 / extracellular exosome / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Integrin beta-2 subunit / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain ...Integrin beta-2 subunit / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Li, H. / Guo, J. / Xu, C.
資金援助 中国, 12件
組織認可番号国
NSFC31470734 中国
NSFC31670751 中国
MOST2014CB541903 中国
CAS Key Research Program of Frontier SciencesQYZDB-SSW-SMC048 中国
CAS Facility-based Open Research Program 中国
NSFC Innovative Research Group31621003 中国
NSFC Key Program31530022 中国
Ten Thousand Talent Program National Program for Support of Top-notch Young Professionals of China 中国
STSMC Key Program16JC1404800 中国
NSFC National Science Fund for Distinguished Young Scholars31425009 中国
STSMC Outstanding Academic Leader Program15XD1504200 中国
CAS Strategic Priority Research ProgramXDB08020100 中国
引用ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2018
タイトル: Intramembrane ionic protein-lipid interaction regulates integrin structure and function.
著者: Guo, J. / Zhang, Y. / Li, H. / Chu, H. / Wang, Q. / Jiang, S. / Li, Y. / Shen, H. / Li, G. / Chen, J. / Xu, C.
履歴
登録2018年2月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin beta-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6481
ポリマ－5,6481
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5620 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Integrin beta-2 / Cell surface adhesion glycoproteins LFA-1/CR3/p150 / 95 subunit beta / Complement receptor C3 subunit beta


分子量: 5647.616 Da / 分子数: 1 / 変異: C695S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB2, CD18, MFI7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P05107

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D 1H-15N NOESY
121isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
131isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D CBCA(CO)NH
171isotropic13D HNCO
181isotropic12D 1H-15N HSQC
191isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: bicelle
内容: 0.6 mM [U-13C; U-15N] integrin b2, 20 mM Bis-Tris, 240 mM DHPC, 48 mM POPC, 24 mM POPG, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMintegrin b2[U-13C; U-15N]1
20 mMBis-Trisnatural abundance1
240 mMDHPCnatural abundance1
48 mMPOPCnatural abundance1
24 mMPOPGnatural abundance1
1 %Protease inhibitor cocktailnatural abundance1
0.2 %NaN3natural abundance1
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert P.精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
KUJIRAKobayashi N.chemical shift assignment
KUJIRAKobayashi N.peak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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