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Yorodumi- PDB-5z70: Crystal structure of oleate hydratase from Stenotrophomonas sp. K... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5z70 | ||||||
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Title | Crystal structure of oleate hydratase from Stenotrophomonas sp. KCTC 12332 | ||||||
Components | Oleate hydratase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / oleate hydratase | ||||||
Function / homology | oleate hydratase activity / Oleate hydratase / MCRA family / FAD binding / fatty acid metabolic process / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Oleate hydratase Function and homology information | ||||||
Biological species | Stenotrophomonas sp. KCTC 12332 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.91 Å | ||||||
Authors | Park, A.K. | ||||||
Citation | Journal: Biochem. Biophys. Res. Commun. / Year: 2018 Title: Crystal structure of oleate hydratase from Stenotrophomonas sp. KCTC 12332 reveals conformational plasticity surrounding the FAD binding site. Authors: Park, A.K. / Lee, G.H. / Kim, D.W. / Jang, E.H. / Kwon, H.T. / Chi, Y.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5z70.cif.gz | 224.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5z70.ent.gz | 177.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5z70.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/5z70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/5z70 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4uirS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 67633.391 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Stenotrophomonas sp. KCTC 12332 (bacteria) Gene: AXG53_12705 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A126NKL7 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: Bis-Tris propane, Potassium thiocyanate, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 2, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 28812 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 75.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.257 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.266 / Χ2: 3.856 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 415860 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4UIR Resolution: 2.91→35.827 Å / SU ML: 0.48 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.83 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 142.87 Å2 / Biso mean: 71.758 Å2 / Biso min: 26.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.91→35.827 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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