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万見
- PDB-5ys4: Crystal structure of retroviral protease-like domain of Ddi1 from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ys4
タイトルCrystal structure of retroviral protease-like domain of Ddi1 from Leishmania major
要素DNA-damage inducible protein DDI1-like protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / retropepsin / aspartic protease (アスパラギン酸プロテアーゼ) / cytoplasmic (細胞質)
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Aspartic peptidase, DDI1-type / アスパラギン酸プロテアーゼ / UBA-like domain / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase domain superfamily / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-damage inducible protein DDI1-like protein / Protein DDI1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Suguna, K. / Kumar, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Other governmentBT/PR1770/BRB/10/1505/2016 インド
引用ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the retroviral protease-like domain of a protozoal DNA damage-inducible 1 protein.
著者: Kumar, S. / Suguna, K.
履歴
登録2017年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-damage inducible protein DDI1-like protein
B: DNA-damage inducible protein DDI1-like protein
C: DNA-damage inducible protein DDI1-like protein
D: DNA-damage inducible protein DDI1-like protein
E: DNA-damage inducible protein DDI1-like protein
F: DNA-damage inducible protein DDI1-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5666
ポリマ－87,5666
非ポリマー00
水6,864381
1
A: DNA-damage inducible protein DDI1-like protein
D: DNA-damage inducible protein DDI1-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1892
ポリマ－29,1892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11490 Å2
手法PISA
2
B: DNA-damage inducible protein DDI1-like protein
C: DNA-damage inducible protein DDI1-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1892
ポリマ－29,1892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11660 Å2
手法PISA
3
E: DNA-damage inducible protein DDI1-like protein
F: DNA-damage inducible protein DDI1-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1892
ポリマ－29,1892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.790, 56.780, 91.400
Angle α, β, γ (deg.)76.56, 84.48, 89.99
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
DNA-damage inducible protein DDI1-like protein


分子量: 14594.268 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
株: Friedlin / 遺伝子: LMJF_01_0610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E9AC52, UniProt: I7HUG0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1M sodium malonate, 12 % polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→26.34 Å / Num. obs: 36968 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3613 / CC1/2: 0.707 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1-2575精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2I1A

2i1a


解像度: 2.3→26.34 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1912 5.2 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.238 36967 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å2-0.21 Å2-0.07 Å2
2---1.87 Å20.29 Å2
3---0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→26.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5284 0 0 381 5665
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 119 -
Rwork0.276 2548 -
obs--96.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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