PDB-5yms: Structural basis of glycan specificity and identification of a no...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yms

タイトル

Structural basis of glycan specificity and identification of a novel glycan binding cavity in human P[19] rotavirus

要素

Outer capsid protein VP4

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / P[19] rotavirus / P[6] rotavirus / VP8* / Mucin core2core 2 / Lacto-N-tetrarosetetraose (LNT)

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell rough endoplasmic reticulum / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane /

生体膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Human rotavirus A (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Sun, X. / Dandi, L. / Duan, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018
タイトル: Glycan Binding Specificity and Mechanism of Human and Porcine P[6]/P[19] Rotavirus VP8*s.
著者: Sun, X. / Li, D. / Qi, J. / Chai, W. / Wang, L. / Wang, L. / Peng, R. / Wang, H. / Zhang, Q. / Pang, L. / Kong, X. / Wang, H. / Jin, M. / Gao, G.F. / Duan, Z.

履歴

登録	2017年10月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年7月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yms.cif.gz	538.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yms.ent.gz	444.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yms.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/5yms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/5yms	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ymtC 5ymuC 5gj6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ymt-5 5gj6-5 5gj6-1 5gj6-4 5ymt-14 5ymt-2 3sis-1 5ymt-8 6f19-d 5gj6-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Outer capsid protein VP4

B: Outer capsid protein VP4

C: Outer capsid protein VP4

D: Outer capsid protein VP4

E: Outer capsid protein VP4

F: Outer capsid protein VP4

G: Outer capsid protein VP4

H: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

149 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
18.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.5 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.5 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.8 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.5 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	179.776, 129.346, 86.365
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.070, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Outer capsid protein VP4 / rotavirus VP8* protein

分子量: 18253.311 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: P[19] VP8* and LNT / 由来: (組換発現)

Human rotavirus A (ウイルス)
発現宿主:

Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q9Q2P6

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-3[DGlcpNAcb1-6]DGalpNAca1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1a_1-5_2NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O]/1-2-3/a3-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 982 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.17 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 30% w/v polyethylene glycol MME 5000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 123 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 104019 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 10.575
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6.4 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5GJ6

5gj6

解像度: 2.1→49.675 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 21.84

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.213	4951	5.02 %
R_work	0.1812	-	-
obs	0.1827	98627	94.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 120.41 Å² / B_iso mean: 31.9 Å² / B_iso min: 11.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→49.675 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10256	0	164	982	11402
B_iso mean	-	-	58.6	36.76	-
残基数	-	-	-	-	1283

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5402	-0.1851	0.1344	0.7839	-0.1191	1.1698	-0.0333	0.0625	0.0088	0.0386	-0.003	0.0146	-0.127	0.0884	-0	0.1751	-0.0354	0.0264	0.1055	0.0049	0.154	1.2954	52.4932	112.9311
2	0.9438	-0.1297	-0.4759	0.7255	-0.1234	0.663	-0.0471	0.0923	-0.1275	0.0446	-0.0022	0.024	0.0385	0.0117	-0.0011	0.1619	-0.0011	0.0081	0.1162	-0.0301	0.1505	-17.7366	15.6814	103.4046
3	0.9786	0.1768	-0.0145	0.9135	-0.0214	0.9334	0.0788	-0.0267	-0.009	0.1715	-0.021	-0.0142	0.0469	0.1147	0	0.2024	0.0102	-0.0103	0.1432	-0.0042	0.139	4.746	33.3645	130.7461
4	1.256	-0.0124	-0.4967	1.5043	-0.3359	1.4321	-0.0421	-0.0496	0.0532	-0.0395	-0.0103	-0.1258	0.062	0.2246	-0.0001	0.1576	-0.0066	0.0099	0.2621	-0.0152	0.1693	-37.5737	15.2658	146.5661
5	0.838	-0.0413	0.1101	1.599	0.0237	1.5263	0.0467	0.1216	-0.0424	-0.1913	0.0351	-0.0072	-0.0064	-0.0963	0.0025	0.1932	-0.0483	-0.0019	0.2408	-0.0132	0.1117	-20.4185	53.0988	155.1541
6	1.1568	-0.5155	-0.1897	1.0241	-0.0199	1.0595	-0.0147	-0.1422	0.2624	0.0727	0.0043	0.049	-0.092	0.0138	0.0002	0.1787	-0.0311	-0.0206	0.2433	-0.0404	0.2993	-55.8063	33.7521	144.2389
7	0.946	0.1792	-0.0638	0.7405	-0.0048	0.8868	0.0183	0.0317	0.0562	0.0475	-0.0065	0.0991	-0.0562	-0.0255	0	0.12	0.0136	0.017	0.1217	0.0083	0.1826	-33.9917	34.6839	111.7586
8	0.9452	-0.61	0.1527	1.2581	-0.2671	1.3587	0.1243	-0.1422	-0.2158	0.0172	0.0494	-0.1613	0.2178	-0.0629	0.0169	0.2735	-0.0614	-0.096	0.2821	-0.0135	0.2633	-7.5126	34.4833	168.0752

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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