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Yorodumi- PDB-5yk1: The complex structure of Rv3197-AMPPNP from Mycobacterium tuberculosis -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5yk1 | ||||||||||||
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Title | The complex structure of Rv3197-AMPPNP from Mycobacterium tuberculosis | ||||||||||||
Components | Probable conserved ATP-binding protein ABC transporter | ||||||||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Mycobacterium tuberculosis / macrolide antibiotic binding protein / non-canonical ABC protein | ||||||||||||
Function / homology | ABC1 atypical kinase-like domain / ADCK3-like domain / ABC1 atypical kinase-like domain / peptidoglycan-based cell wall / Protein kinase-like domain superfamily / ATP binding / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Probable conserved ATP-binding protein ABC transporter Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.103 Å | ||||||||||||
Authors | Rao, Z.H. / Zhang, Q.Q. | ||||||||||||
Funding support | China, 3items
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Citation | Journal: Protein Cell / Year: 2018 Title: Discovery of the first macrolide antibiotic binding protein in Mycobacterium tuberculosis: a new antibiotic resistance drug target. Authors: Zhang, Q. / Liu, H. / Liu, X. / Jiang, D. / Zhang, B. / Tian, H. / Yang, C. / Guddat, L.W. / Yang, H. / Mi, K. / Rao, Z. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5yk1.cif.gz | 179.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5yk1.ent.gz | 139.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5yk1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/5yk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/5yk1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5yjzSC 5yk0C 5yk2C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
| x 6||||||||
Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 49599.285 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: Rv3197 / Plasmid: pGEX-6P-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-Codon Plus (DE3) RIL / References: UniProt: O53343 | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-ANP / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.47 Å3/Da / Density % sol: 64.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 2.0M lithium sulfate, 0.1M Tris (pH 8.5), 2% (w/v) PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.97906 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 3, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97906 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 40635 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 13.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Redundancy: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.786 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 1973 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5YJZ Resolution: 2.103→42.122 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.41
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.103→42.122 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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