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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yi8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of drosophila Numb PTB domain and Pon peptide complex | ||||||
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機能・相同性 | ![]() pericardial nephrocyte differentiation / enteroendocrine cell differentiation / Malpighian tubule tip cell differentiation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | Drosophila Numb PTB recognizes repeating motifs in the N terminus of Pon | ||||||
![]() | Shan, Z. / Wen, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Basal condensation of Numb and Pon complex via phase transition during Drosophila neuroblast asymmetric division. 著者: Shan, Z. / Tu, Y. / Yang, Y. / Liu, Z. / Zeng, M. / Xu, H. / Long, J. / Zhang, M. / Cai, Y. / Wen, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15905.161 Da / 分子数: 1 / 断片: PTB domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: numb, CG3779 / プラスミド: pETM3C / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3908.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9W4I7 |
#3: 化合物 | ChemComp-FMT / ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.15 % / Mosaicity: 0.468 ° |
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結晶化![]() | 温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M sodium formate, 12% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月23日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14087 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 24.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.912 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 67717 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 3F0W 解像度: 2.001→36.796 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.6 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.09 Å2 / Biso mean: 30.8975 Å2 / Biso min: 13.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.001→36.796 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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