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Yorodumi- PDB-5ycb: Crystal structure of notothenia coriiceps adenylate kinase variant -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ycb | |||||||||
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Title | Crystal structure of notothenia coriiceps adenylate kinase variant | |||||||||
Components | adenylate kinase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / phosphorylation | |||||||||
Function / homology | Function and homology information nucleoside triphosphate adenylate kinase activity / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleoside-diphosphate kinase / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP metabolic process / phosphorylation ...nucleoside triphosphate adenylate kinase activity / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleoside-diphosphate kinase / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP metabolic process / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Notothenia coriiceps (black rockcod) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.272 Å | |||||||||
Authors | Bae, E. / Kim, J. / Moon, S. | |||||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of notothenia coriiceps adenylate kinase variant Authors: Bae, E. / Kim, J. / Moon, S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ycb.cif.gz | 165.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ycb.ent.gz | 132 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ycb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/5ycb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/5ycb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5x6kS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21327.689 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Notothenia coriiceps (black rockcod) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A2R2JFU5*PLUS #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.26M Lithium sulfate, 45% PEG400, 0.1M Acetate pH4.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.97933 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jul 29, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.27→50 Å / Num. obs: 22461 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 23.2 % / Rpim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 38.63 |
Reflection shell | Resolution: 2.27→2.35 Å / Redundancy: 20.5 % / Mean I/σ(I) obs: 6.97 / Num. unique obs: 2192 / Rpim(I) all: 0.146 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5X6K Resolution: 2.272→36.652 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.46
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.272→36.652 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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