PDB-5ya1: crystal structure of LsrK-HPr complex with ATP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ya1

タイトル

crystal structure of LsrK-HPr complex with ATP

要素

Autoinducer-2 kinase
Phosphocarrier protein HPr

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) /

ATP binding (アデノシン三リン酸)

機能・相同性

機能・相同性情報

autoinducer-2 kinase / autoinducer-2 kinase activity / phosphotransferase activity, nitrogenous group as acceptor / regulation of carbon utilization / antisigma factor binding / positive regulation of glycogen catabolic process /

クオラムセンシング / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / single-species biofilm formation /

enzyme inhibitor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.701 Å

データ登録者

Ryu, K.S. / Ha, J.H.

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2018
タイトル: Evidence of link between quorum sensing and sugar metabolism inEscherichia colirevealed via cocrystal structures of LsrK and HPr
著者: Ha, J.H. / Hauk, P. / Cho, K. / Eo, Y. / Ma, X. / Stephens, K. / Cha, S. / Jeong, M. / Suh, J.Y. / Sintim, H.O. / Bentley, W.E. / Ryu, K.S.

履歴

登録	2017年8月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ya1.cif.gz	448.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ya1.ent.gz	369.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ya1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/5ya1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/5ya1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ya0C 5ya2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ya2-2 5ya0-2 5bxs-1 4h04-1 5ya0-1 4jaw-1 6axf-3 6pv4-4 5ya2-1 6axf-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Autoinducer-2 kinase

B: Autoinducer-2 kinase

C: Phosphocarrier protein HPr

D: Phosphocarrier protein HPr

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Autoinducer-2 kinase

C: Phosphocarrier protein HPr

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Autoinducer-2 kinase

D: Phosphocarrier protein HPr

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.016, 101.016, 344.453
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Autoinducer-2 kinase / AI-2 kinase 分子量: 58854.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: lsrK, ydeV, b1511, JW1504 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P77432, autoinducer-2 kinase
#2: タンパク質	Phosphocarrier protein HPr / Histidine-containing protein 分子量: 9129.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ptsH, hpr, b2415, JW2408 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AA04, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ

#1: タンパク質

Autoinducer-2 kinase / AI-2 kinase

分子量: 58854.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: lsrK, ydeV, b1511, JW1504 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P77432, autoinducer-2 kinase

#2: タンパク質

Phosphocarrier protein HPr / Histidine-containing protein

分子量: 9129.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ptsH, hpr, b2415, JW2408 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AA04,

転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ

-
非ポリマー , 4種, 85分子

#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル / 1,6-Hexanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 5~20% (v/v) PEG-400, 0.1M sodium phosphate-citrate (pH 4.2), 0.2M lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 55273 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 8.2 % / Net I/σ(I): 25.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ収集
PHENIX	1.9_1692	データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.701→49.974 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 27.75

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2542	1995	3.61 %
R_work	0.2137	-	-
obs	0.2152	55251	96.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.701→49.974 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8534	0	134	71	8739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	8824
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.915	11994
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.098	3170
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	1370
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1532

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7015-2.769	0.42	133	0.3693	3621	X-RAY DIFFRACTION	94
2.769-2.8439	0.3721	132	0.3514	3649	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8439-2.9276	0.3359	139	0.3356	3688	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9276-3.0221	0.3664	132	0.311	3711	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0221-3.13	0.3226	139	0.2937	3719	X-RAY DIFFRACTION	96
3.13-3.2553	0.374	143	0.2898	3789	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2553-3.4035	0.294	147	0.2536	3756	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4035-3.5829	0.2663	146	0.2249	3820	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5829-3.8073	0.2486	141	0.215	3810	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8073-4.1011	0.2055	147	0.1877	3834	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1011-4.5136	0.1929	140	0.1543	3841	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5136-5.1661	0.1976	144	0.1506	3924	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1661-6.5065	0.2123	152	0.1837	3969	X-RAY DIFFRACTION	99
6.5065-49.9821	0.2226	160	0.1684	4125	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.4006	-1.8103	2.1267	1.6512	0.1445	2.3644	0.2572	0.4829	1.2506	-0.1289	-0.1381	0.5034	-1.354	-1.2047	0.1561	0.6029	0.5486	0.0815	1.0913	0.1215	0.7027	21.0562	23.992	36.426
2	4.4652	0.1752	-0.238	1.5975	0.3223	2.4798	0.0784	0.0603	0.2773	0.0047	-0.0077	-0.0033	-0.4748	-0.2936	-0.0783	0.5178	0.2493	0.0015	0.3816	0.0762	0.329	43.8327	16.7427	38.7229
3	1.3049	-0.5109	-0.0264	1.28	-0.5309	2.1049	0.0586	0.4031	-0.0799	-0.2851	-0.0349	-0.099	-0.2813	-0.4677	0.0372	0.5133	0.4309	-0.0746	0.9034	0.094	0.4473	33.2856	18.2493	12.0574
4	3.0691	0.3427	-2.2387	4.0998	-2.2317	7.2425	-0.3438	0.5334	-0.4425	-0.8181	0.4854	-0.0814	0.9722	-1.2831	-0.1998	0.3537	0.1279	-0.0893	0.8792	-0.0419	0.5383	25.642	8.6677	15.0777
5	3.3846	-1.734	-0.9669	1.3002	-0.275	2.4423	0.1419	0.3497	-1.1216	-0.1992	-0.0576	-0.3354	1.2977	1.0682	0.0154	0.6971	0.4912	-0.0515	1.0291	-0.0888	0.7076	80.0086	-23.9636	36.4119
6	3.7894	0.2566	-0.0482	1.8608	-0.4452	2.3888	0.096	0.0304	-0.215	-0.0141	-0.0516	0.02	0.4693	0.2689	-0.0566	0.514	0.2556	-0.0053	0.384	-0.0785	0.3149	57.1841	-16.7383	38.7194
7	1.4602	-0.3888	0.122	1.2056	0.4139	1.7887	0.0648	0.535	0.1827	-0.2394	-0.1844	0.0389	0.1787	0.5838	0.0031	0.4924	0.5501	0.1108	0.9367	-0.1479	0.3772	67.7317	-18.208	12.0544
8	1.7059	-0.0522	1.0081	3.0369	1.3937	7.8637	-0.2154	0.3725	0.4321	-0.716	0.4396	0.1545	-0.9081	0.9886	-0.4205	0.3934	0.1141	0.0997	0.9139	0.033	0.5304	75.3479	-8.6832	15.0591
9	8.1827	-0.2638	5.2003	9.0119	-2.0926	3.705	0.3471	0.3591	1.2507	0.3771	-1.5153	-0.5178	-1.6131	2.7189	1.1093	0.5386	-0.2588	0.1188	1.0171	-0.0543	0.6902	70.9437	21.8932	49.8393
10	3.7209	-2.1858	5.2203	5.5048	-3.3466	8.0234	0.0667	0.6365	0.4543	-1.1078	0.1733	-0.3152	0.0671	1.1033	-0.1092	0.5044	-0.1794	0.122	0.6111	0.0307	0.4101	64.9201	13.3151	46.7293
11	7.7314	-1.1819	0.3928	2.6423	0.4341	2.729	0.2583	-0.3869	0.7004	0.7639	0.0006	0.1331	-1.288	0.7884	-0.098	0.5917	-0.2418	0.1086	0.5207	-0.0086	0.3467	63.068	20.1455	50.0193
12	3.2505	0.7318	-4.1159	7.5104	-1.6426	5.3101	-0.033	0.7628	-0.4826	-1.2017	-0.6382	-1.5436	-0.6002	2.0139	0.8554	0.5753	-0.197	0.0549	1.3905	0.1197	0.5722	73.3394	13.7013	50.1622
13	6.0378	0.3687	-4.1127	6.2971	0.9944	3.0371	0.2017	0.3161	-1.1864	0.0506	-1.0626	0.6173	1.382	-2.425	0.7691	0.6479	-0.2573	-0.1808	1.034	0.0031	0.7077	30.0667	-21.9033	49.8347
14	5.1632	-1.61	-5.5328	6.5866	1.4747	7.4482	0.2654	0.4471	-0.4932	-0.5368	-0.0157	0.3579	0.0076	-1.2105	-0.1935	0.4558	-0.1568	-0.1117	0.675	-0.0074	0.4561	36.0423	-13.3446	46.7793
15	9.1873	-0.9503	-0.65	4.0457	0.1555	3.7479	0.2287	-0.3569	-0.7252	0.893	0.0402	-0.1481	1.4921	-0.5402	-0.2098	0.5544	-0.2156	-0.115	0.4723	0.0233	0.3258	37.9506	-20.1544	50.0413
16	3.6757	0.0618	3.6089	4.6105	2.4206	5.68	0.2633	0.8608	0.4278	-0.7295	-0.8761	1.786	0.7203	-2.4781	0.8439	0.5351	-0.1844	-0.0157	1.3897	-0.1019	0.6446	27.4976	-13.6158	50.1184

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 91 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 92 through 239 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 240 through 455 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 456 through 504 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 10 through 91 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 92 through 239 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 240 through 455 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 456 through 504 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 15 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 16 through 37 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 38 through 69 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 70 through 85 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 1 through 15 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 16 through 37 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 38 through 69 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 70 through 85 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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