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Yorodumi- PDB-5y5o: Crystal structure of the dUTPase of white spot syndrome virus in ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5y5o | |||||||||
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Title | Crystal structure of the dUTPase of white spot syndrome virus in the apo state | |||||||||
Components | Wsv112 | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / dUTPase / WSSV / pyrophosphatase / dUTP | |||||||||
Function / homology | Function and homology information dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | White spot syndrome virus | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | |||||||||
Authors | Ma, Q. / Zang, K. | |||||||||
Funding support | China, 2items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2018 Title: The dUTPase of white spot syndrome virus assembles its active sites in a noncanonical manner. Authors: Zang, K. / Li, F. / Ma, Q. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5y5o.cif.gz | 355.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5y5o.ent.gz | 292.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5y5o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5y5o_validation.pdf.gz | 477.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5y5o_full_validation.pdf.gz | 481.4 KB | Display | |
Data in XML | 5y5o_validation.xml.gz | 32.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5y5o_validation.cif.gz | 44.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y5o | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5y5pC 5y5qC 3c3iS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19029.248 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 1-171 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) White spot syndrome virus (isolate Shrimp/China/Tongan/1996) Strain: isolate Shrimp/China/Tongan/1996 / Plasmid: modified pET30 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta(DE3) / References: UniProt: Q77J78 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 42.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 30% (w/v) PEG 1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 16, 2015 / Details: dynamically bendable toroidal mirror |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.403→47.037 Å / Num. obs: 36602 / % possible obs: 93.4 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 48.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.403→2.459 Å / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 2021 / CC1/2: 0.975 / Rpim(I) all: 0.151 / % possible all: 78.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3C3I Resolution: 2.4→33.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.872 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.845 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.474 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.478 / SU Rfree Blow DPI: 0.274 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.278
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Displacement parameters | Biso mean: 52.34 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.4→33.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.47 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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