[日本語] English
万見
- PDB-5y50: Crystal structure of eukaryotic MATE transporter AtDTX14 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y50
タイトルCrystal structure of eukaryotic MATE transporter AtDTX14
要素Protein DETOXIFICATION 14
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / alpha helical (Αヘリックス)
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic transport / antiporter activity / vacuolar membrane / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Multi antimicrobial extrusion protein / MatE
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein DETOXIFICATION 14
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
Model detailsa receptor
データ登録者Miyauchi, H. / Kusakizako, T. / Nishizawa, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural basis for xenobiotic extrusion by eukaryotic MATE transporter
著者: Miyauchi, H. / Moriyama, S. / Kusakizako, T. / Kumazaki, K. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Dohmae, N. / Nishizawa, T. / Ito, K. / Miyaji, T. / Moriyama, Y. / Ishitani, R. / Nureki, O.
履歴
登録2017年8月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein DETOXIFICATION 14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5441
ポリマ－49,5441
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17970 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)52.800, 86.780, 116.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Protein DETOXIFICATION 14 / AtDTX14 / Multidrug and toxic compound extrusion protein 14 / MATE protein 14


分子量: 49544.004 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-473 / 変異: P36A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DTX14, At1g71140, F23N20.13
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9C994

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: Na-citrate, MgSO4, NaK-tartrate-tetrahydrate, PEG550MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.345 Å / Num. obs: 16880 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 28.488 % / Biso Wilson estimate: 47.81 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.576 / Rrim(I) all: 0.587 / Χ2: 1.197 / Net I/σ(I): 7.79
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.6-2.7628.4826.7120.927670.6096.833100
2.76-2.9528.9783.0961.5725280.8083.151100
2.95-3.1829.2261.8282.4823290.8741.86100
3.18-3.4929.2441.0514.2322570.9341.069100
3.49-3.929.020.5398.5919960.9740.549100
3.9-4.527.8360.34513.8316010.9840.35190.1
4.5-5.5127.5610.24418.1114570.9940.24994.8
5.51-7.7827.8170.20919.2212170.9960.213100
7.78-48.34525.0540.1328.457280.9970.13399.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MKT

3mkt


解像度: 2.6→48.345 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2759 842 5.01 %
Rwork0.2238 --
obs0.2266 16815 98.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.88 Å2 / Biso mean: 52.1982 Å2 / Biso min: 25.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→48.345 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3362 0 0 0 3362
残基数----448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9434657
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006566
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0472000
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.76290.35341400.302126602800100
2.7629-2.97620.3531390.271926582797100
2.9762-3.27560.32591410.2526642805100
3.2756-3.74950.2711420.226826842826100
3.7495-4.72330.25491290.20032454258391
4.7233-48.3530.23721510.199228533004100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る