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- PDB-5y39: Crystal structure of Ragulator complex (p18 76-145) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y39
タイトルCrystal structure of Ragulator complex (p18 76-145)
要素(Ragulator complex protein ...) x 5
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ragulator complex / LAMTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to cell junction / protein localization to lysosome / TORC1 signaling ...regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to cell junction / protein localization to lysosome / TORC1 signaling / endosome organization / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / fibroblast migration / lysosome localization / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / kinase activator activity / protein localization to membrane / endosomal transport / azurophil granule membrane / regulation of cell size / オートファジー / lysosome organization / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / mTORC1-mediated signalling / cellular response to nutrient levels / tertiary granule membrane / RHOH GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / RHOG GTPase cycle / positive regulation of TOR signaling / regulation of receptor recycling / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / specific granule membrane / protein-membrane adaptor activity / positive regulation of TORC1 signaling / RAC1 GTPase cycle / viral genome replication / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Regulation of PTEN gene transcription / cholesterol homeostasis / positive regulation of interleukin-8 production / regulation of cell growth / cellular response to amino acid stimulus / TP53 Regulates Metabolic Genes / response to virus / MAP2K and MAPK activation / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein localization / positive regulation of protein localization to nucleus / late endosome / GTPase binding / late endosome membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / リソソーム / molecular adaptor activity / endosome membrane / 脂質ラフト / lysosomal membrane / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / protein-containing complex / extracellular exosome / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR2-like ...LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR2-like / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Β-ラクタマーゼ / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ragulator complex protein LAMTOR5 / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR1 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Zhang, T. / Ding, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural basis for Ragulator functioning as a scaffold in membrane-anchoring of Rag GTPases and mTORC1
著者: Zhang, T. / Wang, R. / Wang, Z. / Wang, X. / Wang, F. / Ding, J.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ragulator complex protein LAMTOR1
B: Ragulator complex protein LAMTOR2
C: Ragulator complex protein LAMTOR3
D: Ragulator complex protein LAMTOR4
E: Ragulator complex protein LAMTOR5
F: Ragulator complex protein LAMTOR1
G: Ragulator complex protein LAMTOR2
H: Ragulator complex protein LAMTOR3
I: Ragulator complex protein LAMTOR4
J: Ragulator complex protein LAMTOR5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,19710
ポリマ－111,19710
非ポリマー00
水1,04558
1
A: Ragulator complex protein LAMTOR1
B: Ragulator complex protein LAMTOR2
C: Ragulator complex protein LAMTOR3
D: Ragulator complex protein LAMTOR4
E: Ragulator complex protein LAMTOR5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5985
ポリマ－55,5985
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11720 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area21760 Å2
手法PISA
2
F: Ragulator complex protein LAMTOR1
G: Ragulator complex protein LAMTOR2
H: Ragulator complex protein LAMTOR3
I: Ragulator complex protein LAMTOR4
J: Ragulator complex protein LAMTOR5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5985
ポリマ－55,5985
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8870 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area18240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.659, 117.854, 157.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
Ragulator complex protein ... , 5種, 10分子 AFBGCHDIEJ

#1: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / Protein associated with DRMs and endosomes / p27Kip1-releasing factor from RhoA / p27RF-Rho


分子量: 7966.005 Da / 分子数: 2 / 断片: coiled coil, UNP residues 76-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR1, C11orf59, PDRO, PP7157 / プラスミド: pET28SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q6IAA8
#2: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR2 / Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late ...Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 2 / Mitogen-activated protein-binding protein-interacting protein / MAPBP-interacting protein / Roadblock domain-containing protein 3


分子量: 13517.450 Da / 分子数: 2 / 断片: Roadblock domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR2, MAPBPIP, ROBLD3, HSPC003 / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q9Y2Q5
#3: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR3 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1-interacting protein 1 / Mitogen-activated protein kinase scaffold protein 1


分子量: 13637.678 Da / 分子数: 2 / 断片: Roadblock domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR3, MAP2K1IP1, MAPKSP1, PRO2783 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q9UHA4
#4: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR4 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 4


分子量: 10941.483 Da / 分子数: 2 / 断片: Roadblock domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR4, C7orf59 / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q0VGL1
#5: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR5 / Hepatitis B virus X-interacting protein / HBX-interacting protein / Late endosomal/lysosomal ...Hepatitis B virus X-interacting protein / HBX-interacting protein / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 5


分子量: 9535.823 Da / 分子数: 2 / 断片: Roadblock domain, UNP residues 1-90 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR5, HBXIP, XIP / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: O43504

-
非ポリマー , 1種, 58分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), and 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50.01 Å / Num. obs: 29802 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 0.915 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.744.60.50929710.8010.2620.5760.94798.6
2.74-2.854.60.34129740.8910.1760.3860.88799.3
2.85-2.984.60.23229820.9410.1190.2620.88499
2.98-3.144.70.1529580.9770.0760.1690.85898.9
3.14-3.344.60.08729720.9910.0440.0980.84198.7
3.34-3.64.60.05629590.9950.0280.0630.87398.4
3.6-3.964.60.04329840.9910.0210.0480.83698.2
3.96-4.534.60.03229920.9980.0150.0350.83898
4.53-5.714.50.03429820.9980.0170.0381.33397.5
5.71-504.40.02230280.9970.0110.0250.86794.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.65→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 33.87 / SU ML: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.383 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2626 1365 5.1 %RANDOM
Rwork0.21551 ---
obs0.21799 25354 88.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.279 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20 Å20 Å2
2---4.26 Å2-0 Å2
3---3.18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.65→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6750 0 0 58 6808
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0196836
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1671.9719265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6835885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.64424.945273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.255151143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.51533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21123
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9914.1033594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4466.0984461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2134.3233241
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.20691.01910066
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.07736835
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded52.54356749
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 61 -
Rwork0.284 1126 -
obs--53.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.34160.34370.11580.78060.13660.30710.0259-0.0294-0.02990.0756-0.03340.04160.0545-0.03080.00750.14870.02820.00690.2640.03450.0747-17.697-26.0235-5.9171
20.02570.0627-0.08010.2682-0.36320.5111-0.0106-0.0072-0.04540.0006-0.0046-0.0236-0.05050.03690.01520.17430.00350.00730.2841-0.0060.15519.3641-15.8763-16.5813
30.2340.09640.05690.63830.11650.66840.0051-0.0032-0.03780.0757-0.04210.0006-0.0492-0.0650.0370.17680.00390.00660.29020.00110.1247-6.41-15.54350.6644
40.4322-0.0872-0.12480.3607-0.03460.4508-0.01990.0076-0.0185-0.0870.0236-0.01030.0398-0.0183-0.00380.1741-0.00940.00620.2921-0.01110.1477-25.075-44.0338-8.593
50.89780.27320.29690.2335-0.25030.8927-0.01730.0325-0.0124-0.0537-0.0181-0.03850.06660.04210.03540.19140.01450.0180.2796-0.00580.1448-13.299-32.0563-21.2133
66.8278-1.8407-1.27250.52510.33930.25410.0885-0.31410.11790.0194-0.0156-0.0269-0.01460.0883-0.07290.1937-0.08820.09270.3593-0.01920.2165-42.2666-22.032-21.4745
70.6021-0.2744-0.17840.56110.13560.0810.0109-0.062-0.06720.0039-0.02170.0374-0.06710.02950.01080.2065-0.00010.01620.31790.00910.0938-16.8514-2.5504-39.5333
80.8518-0.3734-0.32261.55690.52050.3528-0.0403-0.0525-0.0224-0.10550.02460.222-0.17540.06890.01570.218-0.00330.03270.3302-0.01360.0871-33.384710.736-30.6216
92.9805-2.3944-0.28682.0767-0.20523.0505-0.28820.2383-0.08570.3679-0.33920.14330.10190.09250.62730.2797-0.16250.29540.4295-0.18520.4306-50.4314-10.0743-10.7071
100.36580.6998-0.43251.8516-0.37130.93850.04330.03920.08790.16050.04480.1540.0242-0.004-0.08810.14280.02120.05510.32350.01230.153-37.5878-15.591-26.7027
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A79 - 145
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 120
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 98
5X-RAY DIFFRACTION5E83 - 172
6X-RAY DIFFRACTION6F114 - 145
7X-RAY DIFFRACTION7G6 - 122
8X-RAY DIFFRACTION8H3 - 119
9X-RAY DIFFRACTION9I4 - 88
10X-RAY DIFFRACTION10J83 - 171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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