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Yorodumi- PDB-5y1b: Crystal Structure of insect beta-N-acetyl-D-hexosaminidase OfHex1... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5y1b | ||||||
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Title | Crystal Structure of insect beta-N-acetyl-D-hexosaminidase OfHex1 complexed with a berberine derivative (SYSU-00679) | ||||||
Components | Beta-hexosaminidaseHexosaminidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Ostrinia furnacalis / beta-N-acetyl-D-hexosaminidase inhibitor / berberine derivative | ||||||
Function / homology | Function and homology information glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / ganglioside catabolic process / chitin catabolic process / polysaccharide catabolic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / lysosome / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Ostrinia furnacalis (Asian corn borer) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.207 Å | ||||||
Authors | Duan, Y.W. / Liu, T. / Zhou, Y. / Tang, J.Y. / Li, M. / Yang, Q. | ||||||
Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2018 Title: Glycoside hydrolase family 18 and 20 enzymes are novel targets of the traditional medicine berberine. Authors: Duan, Y. / Liu, T. / Zhou, Y. / Dou, T. / Yang, Q. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5y1b.cif.gz | 146.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5y1b.ent.gz | 110.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5y1b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/5y1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/5y1b | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5y0vC 3nsmS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 66380.797 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: F243D,L570F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ostrinia furnacalis (Asian corn borer) / Production host: Komagataella pastoris GS115 (fungus) / Strain (production host): GS115 / References: UniProt: Q06GJ0, beta-N-acetylhexosaminidase | ||||
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#2: Sugar | #3: Chemical | ChemComp-8KL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.51 Å3/Da / Density % sol: 72.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 100mM HEPES, 200mM MgCl2, 30% PEG 400, pH 7.0 / PH range: 6.5-7.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97853 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 17, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.207→50 Å / Num. obs: 57623 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.032 / Net I/σ(I): 7.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3NSM Resolution: 2.207→19.408 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.01 Details: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.84 Å2 / Biso mean: 33.0648 Å2 / Biso min: 10.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.207→19.408 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
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