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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xxd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SmyD3 in complex with covalent inhibitor 1 | ||||||
要素 | Smyd3 methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/INHIBITOR / covalent inhibitor / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / methyltransferase inhibitor / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H3K36 dimethyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / myotube cell development / histone H3K4 trimethyltransferase activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II complex binding / cellular response to dexamethasone stimulus / establishment of protein localization / PKMTs methylate histone lysines ...histone H3K36 dimethyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / myotube cell development / histone H3K4 trimethyltransferase activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II complex binding / cellular response to dexamethasone stimulus / establishment of protein localization / PKMTs methylate histone lysines / nucleosome assembly / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / メチル化 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.314 Å | ||||||
データ登録者 | Baburajendran, N. / Anna E, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of SmyD3 in complex with covalent inhibitor 1 著者: Baburajendran, N. / Anna E, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xxd.cif.gz | 105.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xxd.ent.gz | 77.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xxd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/5xxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/5xxd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1mekS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48602.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H7B4*PLUS | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SAM / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-8NR / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS AAH31010.1 FOR THIS SEQUENCE. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.33 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Magnesium acetate, 17% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月9日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.68→45.09 Å / Num. obs: 50203 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 17.17 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 348727 / Scaling rejects: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1MEK 解像度: 2.314→40.37 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.81 Å2 / Biso mean: 22.1089 Å2 / Biso min: 5.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.314→40.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
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