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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xwv
タイトルSubstrate-bound Structure of a Ketoreductase from the Second Module of the amphotericin Polyketide Synthases
要素AmphB
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / modular polyketide synthease / ketoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


macrolide biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension ...Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Phosphopantetheine attachment site / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8H6 / Chem-NDP / AmphB
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces nodosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Liu, C. / Zheng, J.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Program on Key Basic Research Project2013CB734002 中国
National Natural Science Foundation of China31370101 中国
National Natural Science Foundation of China31570056 中国
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Substrate-bound structures of a ketoreductase from amphotericin modular polyketide synthase.
著者: Liu, C. / Yuan, M. / Xu, X. / Wang, L. / Keatinge-Clay, A.T. / Deng, Z. / Lin, S. / Zheng, J.
履歴
登録2017年6月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AmphB
B: AmphB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,1216
ポリマ－102,8492
非ポリマー2,2724
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area34720 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)61.319, 63.564, 71.886
Angle α, β, γ (deg.)73.09, 67.20, 89.76
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 0 / Auth seq-ID: -3 - 473 / Label seq-ID: 18 - 494

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 AmphB


分子量: 51424.699 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2529-3003 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ketoreductase of modular polyketide synthase
由来: (組換発現) Streptomyces nodosus (バクテリア)
遺伝子: amphB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93NW7
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-8H6 / S-[2-[3-[[(2R)-3,3-dimethyl-2,4-bis(oxidanyl)butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (2R)-2-methyl-3-oxidanylidene-pentanethioate / N-[2-[[(R)-2-メチル-3-オキソペンタノイル]チオ]エチル]-3-[[(R)-2,4-ジヒドロキシ-3,3(以下略)


分子量: 390.495 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H30N2O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 3.4 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5 / PH範囲: 7.3-7.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 76537 / % possible obs: 91.17 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3918 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MJE

3mje


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 5.928 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21726 4164 5.2 %RANDOM
Rwork0.1802 ---
obs0.18207 76537 91.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.15 Å20.6 Å2-0.08 Å2
2---0.97 Å2-0.59 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6938 0 148 266 7352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0197232
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026886
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9431.9849894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.556315748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9895952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.04322.937286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.469151018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5461564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.0218328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021600
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.262.0223814
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2582.0213813
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0853.024764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0853.024765
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5022.4383418
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5012.4383419
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1183.4995131
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.34739.21931148
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.3539.21930975
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 28578 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.797→1.844 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 316 -
Rwork0.243 5308 -
obs--85.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0554-0.0204-0.01240.21770.09950.116-0.00540.0084-0.00560.00540-0.0137-0.0156-0.0060.00540.0189-0.0005-0.00410.0021-0.00160.0037-10.33072.1812-17.1435
20.02860.0151-0.0010.22330.05520.0994-0.0001-0.00630.0042-0.0097-0.0011-0.00170.0092-0.00030.00120.01420.0052-0.00140.0038-0.00190.0031-13.0545-16.496823.8163
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 473
2X-RAY DIFFRACTION2B-3 - 473

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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