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万見
- PDB-5xik: Crystal Structure of Toxoplasma gondii Prolyl-tRNA Synthetase (Tg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xik
タイトルCrystal Structure of Toxoplasma gondii Prolyl-tRNA Synthetase (TgPRS) in complex with tetrahydro quinazolinone febrifugine
要素Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Protein Translation (翻訳 (生物学)) / PRS / Synthetase / Inhibitor / Infectious Disease (感染)
機能・相同性
機能・相同性情報


プロリンtRNAリガーゼ / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / aminoacyl-tRNA editing activity / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
C-terminal domain of ProRS / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type ...C-terminal domain of ProRS / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Translation Initiation Factor IF3 / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-87C / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jain, V. / Manickam, Y. / Sharma, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Targeting Prolyl-tRNA Synthetase to Accelerate Drug Discovery against Malaria, Leishmaniasis, Toxoplasmosis, Cryptosporidiosis, and Coccidiosis
著者: Jain, V. / Yogavel, M. / Kikuchi, H. / Oshima, Y. / Hariguchi, N. / Matsumoto, M. / Goel, P. / Touquet, B. / Jumani, R.S. / Tacchini-Cottier, F. / Harlos, K. / Huston, C.D. / Hakimi, M.A. / Sharma, A.
履歴
登録2017年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
B: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
C: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
D: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,33224
ポリマ－231,7494
非ポリマー3,58320
水3,711206
1
A: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
B: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,63011
ポリマ－115,8752
非ポリマー1,7569
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area37720 Å2
手法PISA
2
C: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
D: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,70113
ポリマ－115,8752
非ポリマー1,82711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7550 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area37360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.644, 90.140, 93.201
Angle α, β, γ (deg.)89.460, 80.340, 76.070
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)


分子量: 57937.258 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 334-830 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (strain ATCC 50611 / Me49) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50611 / Me49 / 遺伝子: TGME49_219850 / プラスミド: PETM41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: S8G8I1, プロリンtRNAリガーゼ

-
非ポリマー , 5種, 226分子

#2: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-87C / 3-[2-oxidanylidene-3-[(2R,3R)-3-oxidanylpiperidin-2-yl]propyl]-5,6,7,8-tetrahydroquinazolin-4-one


分子量: 305.372 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H23N3O3
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10%(w/v) PEG 8K, 20%(v/v) ethylene glycol, 0.03M of each divalent cation and 0.1M MOPS/HEPES-Na

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.96725 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 80691 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 0.837 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 266115
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.543.20.5395839580.7640.3340.6040.83997.9
2.54-2.593.30.48439990.7860.3170.580.86598
2.59-2.643.30.43240560.8090.2820.5180.88598
2.64-2.693.30.39439690.8640.2560.4710.88498.2
2.69-2.753.30.33940220.8940.2190.4050.89298.2
2.75-2.823.30.29140530.9020.1890.3490.90598.3
2.82-2.893.30.24640120.9280.1590.2940.89898.4
2.89-2.963.30.21440230.9380.1390.2560.89598.4
2.96-3.053.30.17440450.9540.1130.2080.91498.5
3.05-3.153.30.14939890.9660.0970.1790.90198.6
3.15-3.263.30.11540460.9770.0750.1380.89598.7
3.26-3.393.30.08940190.9820.0590.1070.84898.8
3.39-3.553.30.07340910.9860.0480.0880.84598.8
3.55-3.733.30.06140410.9880.0410.0740.81998.9
3.73-3.973.30.05140410.9910.0350.0620.899
3.97-4.273.30.04440760.9910.030.0530.75899.2
4.27-4.73.30.04140570.9920.0280.0490.85699.3
4.7-5.383.30.03840660.9920.0260.0470.74599.5
5.38-6.783.30.0440740.9920.0270.0490.69999.6
6.78-503.20.02940540.9960.0190.0350.60399.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MxCuBEデータ削減
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TWA

4twa


解像度: 2.5→43.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / WRfactor Rfree: 0.2286 / WRfactor Rwork: 0.1741 / FOM work R set: 0.8383 / SU B: 8.678 / SU ML: 0.195 / SU R Cruickshank DPI: 0.5546 / SU Rfree: 0.2889 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.555 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 3988 5 %RANDOM
Rwork0.1846 ---
obs0.1876 75422 96.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.46 Å2 / Biso mean: 37.618 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å20.15 Å2-0.1 Å2
2--0.04 Å2-0.15 Å2
3---0.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→43.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15280 0 224 214 15718
Biso mean--27.16 29.94 -
残基数----1888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01916134
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0215216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7171.96721868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.844335149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.10151890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.1823.311731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.857152836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.77115117
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.22301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02117656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023691
LS精密化 シェル解像度: 2.504→2.569 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 238 -
Rwork0.259 4466 -
all-4704 -
obs--77.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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