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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xii | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Toxoplasma gondii Prolyl-tRNA Synthetase (TgPRS) in complex with inhibitor 6 | ||||||
要素 | Prolyl-tRNA synthetase (ProRS) | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / Protein Translation (翻訳 (生物学)) / PRS / Synthetase / Inhibitor / Infectious Disease (感染) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 プロリンtRNAリガーゼ / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / aminoacyl-tRNA editing activity / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å | ||||||
データ登録者 | Jain, V. / Manickam, Y. / Sharma, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2017 タイトル: Targeting Prolyl-tRNA Synthetase to Accelerate Drug Discovery against Malaria, Leishmaniasis, Toxoplasmosis, Cryptosporidiosis, and Coccidiosis 著者: Jain, V. / Yogavel, M. / Kikuchi, H. / Oshima, Y. / Hariguchi, N. / Matsumoto, M. / Goel, P. / Touquet, B. / Jumani, R.S. / Tacchini-Cottier, F. / Harlos, K. / Huston, C.D. / Hakimi, M.A. / Sharma, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xii.cif.gz | 419 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xii.ent.gz | 336.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xii.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/5xii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/5xii | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 57937.258 Da / 分子数: 4 / 変異: UNP residues 334-830 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (strain ATCC 50611 / Me49) (トキソプラズマ) 株: ATCC 50611 / Me49 / 遺伝子: TGME49_219850 / プラスミド: PETM41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: S8G8I1, プロリンtRNAリガーゼ |
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-非ポリマー , 6種, 750分子
#2: 化合物 | ChemComp-ANP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-86X / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10%(w/v) PEG 8K, 20%(v/v) ethylene glycol, 0.03M of each divalent cation and 0.1M MOPS/HEPES-Na |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9797 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9797 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.17→50 Å / Num. obs: 123090 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 0.82 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 337845 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4TWA 解像度: 2.17→40.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.2121 / WRfactor Rwork: 0.1636 / FOM work R set: 0.8479 / SU B: 5.184 / SU ML: 0.131 / SU R Cruickshank DPI: 0.2272 / SU Rfree: 0.1899 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 105.82 Å2 / Biso mean: 33.867 Å2 / Biso min: 7.66 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.17→40.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.175→2.231 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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