[日本語] English
万見
- PDB-5xeq: Crystal Structure of human MDGA1 and human neuroligin-2 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xeq
タイトルCrystal Structure of human MDGA1 and human neuroligin-2 complex
要素
  • MAM domain-containing glycosylphosphatidylinositol anchor protein 1
  • Neuroligin-2ニューロリギン
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / Immunogloubulin-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter-gated ion channel clustering / jump response / positive regulation of t-SNARE clustering / symmetric, GABA-ergic, inhibitory synapse / cerebral cortex radially oriented cell migration / spinal cord association neuron differentiation / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / terminal button organization / postsynaptic density protein 95 clustering / cell-cell junction maintenance ...neurotransmitter-gated ion channel clustering / jump response / positive regulation of t-SNARE clustering / symmetric, GABA-ergic, inhibitory synapse / cerebral cortex radially oriented cell migration / spinal cord association neuron differentiation / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / terminal button organization / postsynaptic density protein 95 clustering / cell-cell junction maintenance / postsynaptic membrane assembly / positive regulation of synaptic vesicle clustering / presynaptic membrane assembly / 走性 / axon guidance receptor activity / ribbon synapse / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / inhibitory synapse / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / insulin metabolic process / neuron cell-cell adhesion / presynapse assembly / neurexin family protein binding / dopaminergic synapse / protein localization to synapse / inhibitory synapse assembly / regulation of AMPA receptor activity / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / glycinergic synapse / synaptic transmission, GABAergic / postsynaptic specialization membrane / protein localization to cell surface / Neurexins and neuroligins / positive regulation of synapse assembly / positive regulation of protein localization to synapse / regulation of synaptic membrane adhesion / positive regulation of dendritic spine development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / locomotory exploration behavior / social behavior / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / neuromuscular process controlling balance / synaptic vesicle endocytosis / excitatory synapse / regulation of presynapse assembly / GABA-ergic synapse / side of membrane / sensory perception of pain / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / dendritic shaft / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / synapse organization / neuron migration / brain development / modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of insulin secretion / 細胞接着 / presynaptic membrane / signaling receptor activity / nervous system development / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / 神経繊維 / neuronal cell body / シナプス / positive regulation of cell population proliferation / ゴルジ体 / 細胞膜 / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ニューロリギン / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / 免疫グロブリンフォールド ...ニューロリギン / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Alpha/Beta hydrolase fold / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MAM domain-containing glycosylphosphatidylinositol anchor protein 1 / Neuroligin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.136 Å
データ登録者Kim, H.M. / Kim, J.A. / Kim, D.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2017
タイトル: Structural Insights into Modulation of Neurexin-Neuroligin Trans-synaptic Adhesion by MDGA1/Neuroligin-2 Complex
著者: Kim, J.A. / Kim, D. / Won, S.Y. / Han, K.A. / Park, D. / Cho, E. / Yun, N. / An, H.J. / Um, J.W. / Kim, E. / Lee, J.O. / Ko, J. / Kim, H.M.
履歴
登録2017年4月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Neuroligin-2
B: MAM domain-containing glycosylphosphatidylinositol anchor protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,2286
ポリマ－99,1402
非ポリマー1,0884
水0
1
A: Neuroligin-2
B: MAM domain-containing glycosylphosphatidylinositol anchor protein 1
ヘテロ分子

A: Neuroligin-2
B: MAM domain-containing glycosylphosphatidylinositol anchor protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,45612
ポリマ－198,2804
非ポリマー2,1768
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area11420 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area68810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.875, 69.134, 108.843
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.310, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Neuroligin-2 / ニューロリギン


分子量: 64101.059 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 42-610 / 変異: N98Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLGN2, KIAA1366 / プラスミド: pAcGP67A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q8NFZ4
#2: タンパク質 MAM domain-containing glycosylphosphatidylinositol anchor protein 1 / GPI and MAM protein / GPIM / Glycosylphosphatidylinositol-MAM / MAM domain-containing protein 3


分子量: 35038.707 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-330 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDGA1, MAMDC3 / プラスミド: pAcGP67A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q8NFP4
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 300mM Ammonium citrate tribasic, pH 7.0, 13% 1,3-Butanediol and 18%(v/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.14→49.2 Å / Num. obs: 18485 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 77.18 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 22.9 / Num. measured all: 236647 / Scaling rejects: 171
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.14-3.3512.90.26142385329232920.9930.0750.2728.4100
8.87-49.211.80.04103098730.9780.0130.04246.199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BL8

3bl8


解像度: 3.136→49.199 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2779 1847 10.01 %
Rwork0.2341 16609 -
obs0.2385 18456 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.18 Å2 / Biso mean: 75.0805 Å2 / Biso min: 32.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.136→49.199 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6380 0 70 0 6450
Biso mean--115.39 --
残基数----817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.689024
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571005
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041176
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9573928
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.1357-3.22050.40171380.318412301368
3.2205-3.31520.41411420.301212911433
3.3152-3.42220.32181380.289512391377
3.4222-3.54450.35491430.276412791422
3.5445-3.68630.35821430.275712861429
3.6863-3.8540.30581430.247612861429
3.854-4.05710.29061410.238412631404
4.0571-4.31120.26431400.221112631403
4.3112-4.64380.28291400.209112611401
4.6438-5.11070.26951430.20812861429
5.1107-5.84920.24691430.220712921435
5.8492-7.36540.25611440.243412971441
7.3654-49.20470.21011490.202213361485

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る